| 話名 | 楽曲 作曲者（作曲年） |
備考 |
| 第1話 ゴーショーグン発進せよ | 美しく青きドナウ ヨハン・シュトラウス2世（1867） |
美しく青きドナウ（Wikipedia） |
| 第2話 激闘トライスリー | ||
| 第3話 リトルファイターGO | 交響曲第3番「英雄」 ルートヴィヒ・ヴァン・ベートーヴェン（1804） |
交響曲第3番（Wikipedia） |
| 第4話 危険ないたずら | ||
| 第5話 地獄のファンタジーランド | ||
| 第6話 光る眼の悪魔 | ペール・ギュントより「朝」 エドヴァルド・ハーゲルップ・グリーグ（1875） |
ペール・ギュント（Wikipedia） |
| 第7話 隠し砦の仲間達 | ||
| 第8話 ゴーショーグン帰還せず | ||
| 第9話 ダイヤモンドは燃えつきて | 革命のエチュード フレデリック・フランソワ・ショパン（1831） |
練習曲作品10-12（Wikipedia） |
| 第10話 恐るべしビムラーの謎 | ローエングリン ヴィルヘルム・リヒャルト・ワーグナー（1850） |
ローエングリン（Wikipedia） |
| 第11話 花束を君に | ||
| 第12話 別れのモンマルトル | 別れの曲 ショパン（1832） |
練習曲作品10-3（Wikipedia） |
| 第13話 暗黒街の激闘 | ||
| 第14話 ひとりぼっちのOVA | ハンガリー狂詩曲 フランツ・リスト（1853） |
ハンガリー狂詩曲（Wikipedia） |
| 第15話 熱砂の女王 | ||
| 第16話 さらば青春の日々 | ||
| 第17話 グッドサンダー危機一発 | 旧友 カール・タイケ（1889） |
旧友（Wikipedia） |
| 第18話 ケン太ゴーショーグンに乗る | ||
| 第19話 叩け! ロンドン秘密基地 | ||
| 第20話 宇宙中継これがドクーガだ | ||
| 第21話 皇帝の陰謀 | 前奏曲集第2巻より「花火」 クロード・アシル・ドビュッシー（1913） |
前奏曲（Wikipedia） |
| 第22話 浮上、地底からの謎 | ||
| 第23話 暴走グッドサンダー | ||
| 第24話 海の敵を叩け | オペラ「ウィリアム・テル」序曲 ジョアキーノ・ロッシーニ（1829） |
ウィリアム・テル（Wikipedia） |
| 第25話 決戦秒読み開始 | ||
| 第26話 果てしなき旅立ち(Fin) |
| 場面 | 楽曲 作曲者（作曲年） |
備考 |
| ブンドル登場 ～ダイジェストシーン |
幻想即興曲 ショパン（1834） |
幻想即興曲（Wikipedia） |
| ブンドルの茶の湯 | ピアノソナタ「月光」第1楽章 ベートーヴェン（1801） |
ピアノソナタ第14番（Wikipedia） |
| 第17話振り返り | 旧友 | TV版第17話と同様 |
