pdftotext

これは便利かも。
http://d.hatena.ne.jp/wakuteka/
自分の場合はhomebrewでインストールできました

brew install xpdf

ちなみに複数ファイルにまとめて適用したい場合(linux, mac)は、

find . -name "*.pdf" -exec pdftotext -enc UTF-8 {} \;

みたいにすれば良いと思います。