ipsjのコンパイルが上手くいかない

手元のtex環境で上手くいかなかったのですが、styファイルなどの文字コードのせいだったようです。
自分のtexはutf-8なので

nkf -w --overwrite ipsj*
nkf -w --overwrite *.tex

でうまくいきました。