git stash

localの変更を一時的に保存しつつ、unstageする。

git stash で一時退避して、
git pull　でupdateして、
git stash apply　再びstageさせる。

という感じでしょうか?

http://git-scm.com/book/ja/v1/Git-のさまざまなツール-作業を隠す
http://transitive.info/article/git/command/stash/