| ミッション名 | デウスエクス | 第一次破壊作戦 | 第二次破壊作戦 | |
|---|---|---|---|---|
| 1-1 | 東京焦土地帯 | 死神（無限増殖） | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 1-2 | 伽藍岳会戦 | 残霊（エインヘリアル） | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 1-3 | 熊野竜牙呪林 | 竜牙兵（竜牙竜星雨） | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 1-4 | ひたちなか復興地区 | ダモクレス | ||
| 1-5 | 螺旋番外地 | 螺旋忍軍 | ■（破壊完了） | |
| 2-1 | 京都触手寺 | オーク | ■（破壊完了） | |
| 2-2 | ぐんま昆虫の森 | ローカスト | ー | ー |
| 2-3 | 帝塚山住宅地 | 攻性植物 | ■（破壊完了） | |
| 2-4 | 飛騨五龍嶽 | ドラグナー | ■ | |
| 2-5 | 四日市コンビナート | ダモクレス | ■ | |
| 3-1 | 香川丸亀城 | ドリームイーター | ||
| 3-2 | 尾張星の宮 | ドラゴン | ||
| 3-3 | 北九州再開発地区 | 死神 | ■ | |
| 3-4 | 奥飛騨平湯大滝 | 攻性植物 | ■ | ■ |
| 3-5 | 白神侵食樹海 | ローカスト | ー | ー |
| 4-1 | 鯖江眼鏡戦線 | 螺旋忍軍 | ■ | |
| 4-2 | 奈良触手神社 | オーク | ■ | ■（破壊完了） |
| 4-3 | 大阪市中央区 | ローカスト | ー | ー |
| 4-4 | 鹿島臨海工業地帯 | ダモクレス | ■ | |
| 4-5 | 日本平デジタルタワー | ドリームイーター | ■ | ■（破壊完了） |
| 5-1 | 糸魚川工業団地 | ダモクレス | ||
| 5-2 | 埼玉県秩父山地 | ビルシャナ | ||
| 5-3 | 三宮北野坂 | 螺旋忍軍 | ||
| 5-4 | 長崎新地中華街 | ドリームイーター | ■（破壊完了） | |
| 5-5 | 吉野侵蝕駆除戦線 | 攻性植物 | ■ | |
| 6-1 | 鳥取県米子市 | 螺旋忍軍 | ■（破壊完了） | |
| 6-2 | 木曽山脈樹龍峰 | ドラゴン | ■／■（破壊完了） | |
| 6-3 | 愛知県豊橋市 | 死神 | ||
| 6-4 | 札幌手稲鉱山 | ドリームイーター | ■ | |
| 6-5 | 佐渡ヶ島近海 | ダモクレス | ||
| 7-1 | 北海道富良野市 | 残霊（ヴァルキュリア） | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 7-2 | 五月橋ＳＡ攻略戦 | 攻性植物 | ||
| 7-3 | 秋田県大館市 | ドリームイーター | ■ | |
| 7-4 | 恐羅漢山迎撃戦 | ダモクレス | ■／■ | |
| 7-5 | さいたま市大宮区 | 死神 | ||
| 8-1 | 東京都練馬区 | ドラグナー | ||
| 8-2 | 鳳凰三山 | ビルシャナ | ■ | ■／■（破壊完了） |
| 8-3 | 三重県渡鹿野島 | シャイターン | ■ | ■（破壊完了） |
| 8-4 | 『蠹影病』治療任務 | 病魔 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 8-5 | 飫肥城包囲戦 | エインヘリアル | ■ | ■／■（破壊完了） |
| 9-1 | 『苛翼症候群』治療任務 | 病魔 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 9-2 | 霧島市新燃岳 | エインヘリアル | ■（破壊完了） | |
| 9-3 | 加賀連続復讐事件 | シャイターン | ■ | |
| 9-4 | 関門トンネル防衛戦 | 死神 | ■ | |
| 9-5 | 千島海溝滅竜戦 | ドラゴン | ■（破壊完了） | |
| 10-1 | 原宿竹下通り | ビルシャナ | ||
| 10-2 | 浄土ヶ浜防衛戦 | 竜牙兵（直接襲来） | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 10-3 | 舞鶴テロ阻止作戦 | 螺旋忍軍 | ■ | ■ |
| 10-4 | 愛知県半田市 | 残霊（ダモクレス） | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 10-5 | 高知県蟠蛇森 | ドラグナー | ■／■／■／■（破壊完了） | |
| 11-1 | 長野県上田市 | 攻性植物 | ||
| 11-2 | 岡山県倉敷市 | 螺旋忍軍 | ■ | |
| 11-3 | 神田古書店街 | ドリームイーター | ■／■（破壊完了） | |
| 11-4 | 芸予諸島海賊討伐 | エインヘリアル | ■ | ■／■（破壊完了） |
| 11-5 | 神奈川県相模原市 | 死神 | ■ | ■／■／■ |
| 12-1 | 千葉県市川市 | オーク | ■ | ■／■（破壊完了） |
| 12-2 | 『ヒダル神病』治療任務 | 病魔 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 12-3 | 北野坂連続盗難事件 | ドリームイーター | ■ | |
| 12-4 | 神仙沼攻略戦 | ビルシャナ | ■／■ | ■／■ |
| 12-5 | 黒部峡谷飛竜討伐 | ドラゴン | ■ | ■ |
| 13-1 | 埼玉県春日部市 | オーク | ■（破壊完了） | |
| 13-2 | 福岡県福岡市 | シャイターン | ■ | |
| 13-3 | 蔵王攻性樹林 | 攻性植物 | ■ | ■／■（破壊完了） |
| 13-4 | 小松空港防衛戦 | ダモクレス | ■／■ | |
| 13-5 | 唐津奪還戦 | エインヘリアル | ■／■ | ■ |
| 14-1 | 結核治療任務 | 病魔 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 14-2 | 秋田市川反通り | シャイターン | 実装前 | |
| 14-3 | 天草諸島防衛戦 | エインヘリアル | 実装前 | |
| 14-4 | 兵庫県宝塚市 | ドリームイーター | 実装前 | |
| 14-5 | 比叡山蘇生阻止戦 | 死神 | 実装前 | ■ |
| 15-1 | 柏ドーナツ戦線 | 螺旋忍軍 | 実装前 | |
| 15-2 | 海南発電所防衛戦 | 竜牙兵 | 実装前 | |
| 15-3 | 島根県松江市 | ビルシャナ | 実装前 | |
| 15-4 | 足利樹海化地帯 | 攻性植物 | 実装前 | |
| 15-5 | 雪晶島破壊作戦 | ドラゴン | 実装前 | |
| 16-1 | 福島県いわき市 | 屍隷兵 | 実装前 | |
| 16-2 | 狂森病治療任務 | 病魔 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 16-3 | 沖縄県中頭郡 | シャイターン | 実装前 | |
| 16-4 | 強欲寺院破壊作戦 | ビルシャナ | 実装前 | |
| 16-5 | 弘前城包囲戦 | エインヘリアル | 実装前 |
