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とりあえず出来たので公開します。
C言語のプログラムで数値を計算しネットワーク可視化ツールpajekで図にしています。

青四角の大きさ 緑四角の大きさ 線の太さ
打鍵頻度 同鍵連打 連接

同じような図が三枚ありますが一番上から、直接の連接、逆手の一打を挟んだ連接、逆手の二連打以上を挟んだものとなっています。同鍵連打は四倍の面積にしてあります。

余り賢い配列データ取り込みは出来ないので、とりあえず月2-263と月見草のものがあります。
まだ計算間違いなどあるかもしれません。

花配列 月配列2-263 幸花配列

月見草配列 ミズナラ配列v1

新下駄配列に合わせて、一音一拍とした。
「けいならべ」はシンプルな行段配列で、もともと同時打鍵を想定されているわけではありません。
基本設計の大きく異る配列は単純に比較できませんが、敢えてというなら、運指は同じ拍数で比較すべきでしょう…。
新下駄配列 月見草改
飛鳥配列2010-07-13 けいならべ

2大配列。これを見ると新しい配列はなんでも良さそうに見える。
QWERTYローマ字 JISかな

layout_analyze_b1.zip
テキストを自分で用意したり、他の配列を解析したい人は持って行って下さい。
WINDOWS用、何かいるものがあったりするかもしれませんが、よくわかりませんので、ASISです…。
pajekなどでじっくりとデータを見たいという方もどうぞ。