Debian/ntpdで時刻合わせ - kobapan @ wiki

1.NTPサーバーのインストール

$ sudo apt-get install ntp

2.NTPサーバーの設定

$ sudo gedit /etc/ntp.conf

server 0.debian.pool.ntp.org iburst dynamic
server 1.debian.pool.ntp.org iburst dynamic
server 2.debian.pool.ntp.org iburst dynamic
server 3.debian.pool.ntp.org iburst dynamic
と書かれている行を下記のように変更する。(同じ行を3つ)
server ntp.nict.jp
server ntp.nict.jp
server ntp.nict.jp

3.ntpdの停止

$ sudo /etc/init.d/ntp stop

4.NTPサーバーと手動で時刻を同期

sudo ntpdate -b ntp.nict.jp

5.NTPの起動

$ sudo /etc/init.d/ntp start

参考

日本標準時プロジェクト　公開NTP