Phred

Phred

Phredは高機能ベースコールソフトウェアである。
非商用利用ならば、無料でPhred, Phrap, Consedから入手できる。

入手方法は、
まず、Academic user agreementをダウンロード、保存し、必要事項を記入する。
記入したAcademic user agreementをe-mailで開発者にメール本文として送付する。
数日すると開発者Brent EwingからPhredとphd2fastaが添付ファイルで送付されてくる。
2007/06/20付けでは、ファイル名は、

phred-dist-020425.c-acd.tar.Z
phd2fasta-acd-dist.tar.Z

ダウンロードしたアーカイブファイルをフォルダを作成して移動させる。
ターミナルからそのフォルダに移動する。

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Phredのインストール

解凍まではメール本文で指示された通り、解凍後はINSTALLファイルの指示通りに作業すれば簡単にできる。

$ uncompress phred-dist-020425.c.acd.tar.Z
$ tar xvf phred-dist-020425.c.acd.tar
$ make
$ sudo cp phred /usr/local/bin
(パスワードを訊かれるので入力する)
$ sudo chmod 111 /usr/local/bin/phred
$ sudo mkdir /usr/local/etc/PhredPar
$ sudo cp phredpar.dat /usr/local/etc/PhredPar

エディタでホームディレクトリにある.profileに

PHRED_PARAMETER_FILE=/usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat
export PHRED_PARAMETER_FILE

の２行を追加。
新しいターミナルを立ち上げて、phred –helpでエラーメッセージが出なければ正常にインストールされている。

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daevのインストール

Phredにはdaevが同梱されているので、同じくインストールする。

$ make daev
$ sudo cp daev /usr/local/bin
$ sudo chmod 111 /usr/local/bin daev

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phd2fastaのインストール

解凍まではメール本文の指示通りだが、解凍後のINSTALLファイルの記述は省略されている。だが、phredと同様にすれば問題ない。

$ make
$ sudo cp phd2fasta /usr/local/bin
$ sudo chmod 111 /usr/local/bin/phd2fasta

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Citations

• Ewing B, Green P: Basecalling of automated sequencer traces using phred. II. Error probabilities. Genome Research 8:186-194 (1998).
• Ewing B, Hillier L, Wendl M, Green P: Basecalling of automated sequencer traces using phred. I. Accuracy assessment. Genome Research 8:175-185 (1998).