| 【補足】 |
| 学校名及び選手名で、特殊な漢字を使用している為表示できない場合は「■」にしてあります。 一部手元に情報が無いためスタートリストのみの掲載の部分もあります。 |
| 部類 | 記録 | 樹立者 | 所属 | 樹立年日 |
| 日本記録(NR) | 13'13"40 | 高岡 寿成 | 鐘紡 | 1998 |
| 日本ジュニア記録(JR) | 13'35"2 | 高尾 憲司 | 旭化成 | 1994 |
| 日本高校記録(HR) | 13'47"8 | 佐藤 清治 | 佐久長聖（長野） | 1999 |
| 国内国際記録(IHR) | 13'22"58 | ジュリアス ギタヒ | 仙台育英学園（宮城） | 1995 |
| 大会記録(GR) | 13'37"28 | ジュリアス ギタヒ | 仙台育英学園（宮城） | 1995 |
| 男子5000m決勝 | ||||
| 順位 | 記録 | 名前 | 所属校名校名 | 備考 |
| 1 | 14:19.27 | ｼﾞｮｲﾙ ｷﾏﾙ | 青森山田（青森） | |
| 2 | 14:24.75 | 岩井 勇輝 | 成田（千葉） | |
| 3 | 14:26.90 | 元田 幸祐 | 鹿児島実業（鹿児島） | |
| 4 | 14:29.26 | 糟谷 悟 | 中京大中京（愛知） | |
| 5 | 14:29.29 | 大津 聖 | 大牟田（福岡） | |
| 6 | 14:30.30 | 稲井 義幸 | 立命館宇治（京都） | |
| 7 | 14:35.49 | 園延 裕大 | 今治北（愛媛） | |
| 8 | 14:38.07 | 大橋 怜 | 土岐商（岐阜） | |
| 9 | 14:46.89 | 谷合 紘季 | 大牟田（福岡） | |
| 10 | 14:48.70 | 川崎 洋樹 | 小林（宮崎） | |
| 11 | 14:50.54 | 中野 裕介 | 白石（佐賀） | |
| 12 | 14:51.24 | 山本 芳広 | 添上（奈良） | |
| 13 | 14:52.41 | 熊本 剛 | 西脇工（兵庫） | |
| 14 | 15:05.25 | 四辻 聖 | 報徳学園（兵庫） | |
| 15 | 15:06.62 | 竜田 美幸 | 美馬商（徳島） | |
| 16 | 15:21.51 | 空山 隆児 | 世羅（広島） | |
| 17 | 15:22.89 | 藤野 大樹 | 藤沢翔陵（神奈川） | |
| 18 | 15:24.68 | 平 敏治 | 鳥栖工（佐賀） | |
| 男子5000m予選１組 | ||||
| 順位 | 記録 | 名前 | 所属校名校名 | 備考 |
| 1 | 14:42.34 | 稲井 義幸 | 立命館宇治（京都） | |
| 2 | 14:44.28 | 元田 幸祐 | 鹿児島実業（鹿児島） | |
| 3 | 14:45.95 | 空山 隆児 | 世羅（広島） | |
| 4 | 14:46.30 | 熊本 剛 | 西脇工（兵庫） | |
| 5 | 14:47.11 | 園延 裕大 | 今治北（愛媛） | |
| 6 | 14:48.51 | 大橋 怜 | 土岐商（岐阜） | |
| 7 | 14:49.14 | 糟谷 悟 | 中京大中京（愛知） | |
| 8 | 14:54.03 | 高橋 憲昭 | 鉾田一（茨城） | |
| 9 | 14:54.66 | 佐藤 浩二 | 東京農大二（群馬） | |
| 10 | 14:57.26 | 尾曲 和輝 | 佐野日大（栃木） | |
| 11 | 15:11.34 | 渡辺 義彦 | 浦和実（埼玉） | |
| 12 | 15:13.92 | 長尾 洋平 | 福大大濠（福岡） | |
| 13 | 15:20.77 | 杵渕 勉 | 中越（新潟） | |
| 14 | 15:20.98 | 村上 孝一 | 大牟田（福岡） | |
| 15 | 15:27.90 | 菅野 真澄 | 山形中央（山形） | |
| 16 | 15:31.11 | 塩川 雄也 | 東海大三（長野） | |
| 17 | 15:36.26 | 花田 優一 | 室蘭大谷（北海道） | |
| 18 | 15:41.58 | 長谷川 清勝 | 盛岡四（岩手） | |
| 19 | 15:51.51 | 片岡 幸成 | 安芸（高知） | |
| 20 | 15:58.00 | 牧 大祐 | 九州学院（熊本） | |
| 21 | 16:14.11 | 村井 俊介 | 東海大四（北海道） | |
| 22 | 16:47.88 | 藤田 貴之 | 市立銚子西（千葉） | |
| 男子5000m予選２組 | ||||
| 順位 | 記録 | 名前 | 所属校名校名 | 備考 |
| 1 | 14:40.04 | ｼﾞｮｲﾙ ｷﾏﾙ | 青森山田（青森） | |
| 2 | 14:40.65 | 大津 聖 | 大牟田（福岡） | |
| 3 | 14:40.97 | 竜田 美幸 | 美馬商（徳島） | |
| 4 | 14:41.58 | 四辻 聖 | 報徳学園（兵庫） | |
| 5 | 14:51.14 | 川崎 洋樹 | 小林（宮崎） | |
| 6 | 14:53.62 | 中野 裕介 | 白石（佐賀） | |
| 7 | 15:01.62 | 杉山 一介 | 藤枝明誠（静岡） | |
| 8 | 15:05.11 | 仙頭 竜典 | 洛南（京都） | |
| 9 | 15:09.79 | 家高 晋吾 | 佐久長聖（長野） | |
| 10 | 15:11.96 | 井上 泰加彦 | 世羅（広島） | |
| 11 | 15:16.16 | 長谷部 英博 | 東京農大三（埼玉） | |
| 12 | 15:18.54 | 柴田 尚輝 | 東海大浦安（千葉） | |
| 13 | 15:19.50 | 白田 雄久 | 室蘭大谷（北海道） | |
| 14 | 15:21.72 | 武者 由幸 | 田村（福島） | |
| 15 | 15:23.95 | 廣岡 寿人 | 今治東（愛媛） | |
| 16 | 15:25.56 | 小倉 健一 | 市立船橋（千葉） | |
| 17 | 15:27.92 | 井生 知宏 | 西京（山口） | |
| 18 | 15:34.39 | 渡邉 良太 | 中京大中京（愛知） | |
| 19 | 15:38.85 | 高野 淳 | 中越（新潟） | |
| 20 | 15:50.77 | 古庄 智幸 | 鎮西（熊本） | |
| 21 | 15:55.60 | 杉山 健史 | 国学院久我山（東京） | |
| 22 | 16:15.64 | 額田 陽一 | 白樺学園（北海道） | |
| 男子5000m予選３組 | ||||
| 順位 | 記録 | 名前 | 所属校名校名 | 備考 |
| 1 | 14:49.69 | 岩井 勇輝 | 成田（千葉） | |
| 2 | 14:53.33 | 谷合 紘季 | 大牟田（福岡） | |
| 3 | 14:53.40 | 藤野 大樹 | 藤沢翔陵（神奈川） | |
| 4 | 14:54.12 | 平 敏治 | 鳥栖工（佐賀） | |
| 5 | 14:54.14 | 山本 芳広 | 添上（奈良） | |
| 6 | 14:54.43 | 東郷 誠 | 鹿児島実業（鹿児島） | |
| 7 | 14:57.19 | 鍋城 邦一 | 札幌日大（北海道） | |
| 8 | 15:00.27 | 加藤 直人 | 土岐商（岐阜） | |
| 9 | 15:02.93 | 森本 直人 | 報徳学園（兵庫） | |
| 10 | 15:03.07 | 塚田 直也 | 長野（長野） | |
| 11 | 15:04.93 | 忽那 成哉 | 松山北（愛媛） | |
| 12 | 15:07.03 | 中村 友紀 | 小林（宮崎） | |
| 13 | 15:08.49 | 和田 真幸 | 富山商（富山） | |
| 14 | 15:11.69 | 尾熊 栄輔 | 埼玉栄（埼玉） | |
| 15 | 15:12.03 | 木村 二郎 | 尽誠学園（香川） | |
| 16 | 15:12.82 | 神谷 俊介 | 出雲工（島根） | |
| 17 | 15:24.32 | 関根 靖史 | 愛工大名電（愛知） | |
| 18 | 15:29.43 | 武田 純治 | 熊野（広島） | |
| 19 | 15:32.90 | 下山 法久 | 恵庭南（北海道） | |
| 20 | 15:32.98 | 八津川 裕二 | 西条農（広島） | |
| 21 | 16:01.01 | 眞田 泰芳 | 磐城（福島） | |
| 22 | 16:02.11 | 菅野 慎吾 | 高田（岩手） | |
