MAQ - ngssoft @ ウィキ

MAQ

Maqは次世代シーケンサから出力されるshort readからマッピングアセンブリを構築するためのソフトウエアです。 Maqは特にIllumina-Solexa 1G Genetic Analyzer用に設計されていますが、AB SOLiDのデータを取り扱うこともできます(preliminary functionality？)。

Maqは以下のことができます。

• 　リファレンスゲノムに対してIllumina/SOLiDが出力するreadを高速にアライメントすることができます。デフォルトのオプションではヒトゲノムに対して百万リードを1G以下のメモリで10CPU時間でマッピングすることができます。
• 　それぞれのリードに対して間違ってマッピングしてしまった確率を正確に測定することができます。
• Call the consensus genotypes, including homozygous and heterozygous polymorphisms, with a Phred probabilistic quality assigned to each base.
• paired endリードによって短いindelを見つけることができます。
• paired endリードによって大規模なゲノムのdeletionと転置を正確に見つけることができます。
• リードのDepthをチェックすることによってコピー数多型の可能性を発見することができます。--- Evaluate the accuracy of raw base qualities from sequencers and help to check the systematic errors.

しかしMaqは以下のことができません。

• 　デノボアセンブリ(Maqは既知のリファレンス配列に対して、マッピングすることによってのみコンセンサス配列を取得できます。)
• shorts readをそれ自身にマッピングすることはできません-　キャピラリーシーケンサや454のリードをアライメントすることはできません。Maqは63bpより長いリードをアライメントすることはできません。

http://maq.sourceforge.net/

更新履歴

• Maq 0.6.6 Released - 2008.04.27
• Maq 0.6.5 Released - 2008.03.28
• Maq 0.6.4 Released - 2008.04.27
• Maq 0.6.3 Released - 2008.01.03
• Maq 0.6.1 Released - 2007.10.03
• Maq 0.6.0 Released - 2007.09.05
• Maq 0.5.1 Released - 2007.07.31