SOAPaligner/soap2
SOAPaligner/soap2はSOAP (Short Oligonucleotide Analysis Package)のなかの1つのプログラムです。SOAPaligner/soap2は短い塩基配列をアライメントするためのSOAPソフトウエアのアップデートバージョンです。
この新しいプログラムはIllumina/Solexa Genome Analyzerから出力された大量のリードを超高速かつ正確にアライメントすることができます。
百万のsingle-endなリードをヒトゲノムに対して2分でアライメントすることができます。
また、SOAPalignerは幅広い長さのリードをサポートします。
SOAPalignerの中心となるアルゴリズムとインデックスのデータ構造(2way-BWT)は香港大学の Department of Computerのアルゴリズム研究グループによって開発されました。(T.W. Lam, Alan Tam, Simon Wong, Edward Wu and S.M. Yiu).
SOAPalignerはリファレンス配列をフォーマットし、インデックステーブルを構築するのに約2時間必要です。RAMの使用量はリファレンス配列の大きさによりますが、ヒトゲノムの場合は7GB必要となります。
Table 1. Performance of aligning 1 million single-end reads (35bp read length) or 1 million read pairs onto the human reference genome
|
Time (sec)Single-end reads |
Time (sec)Paired-end reads |
RAM (GB) |
| SOAPaligher(soap2) |
120 |
505 |
6.8 |
| soap |
1700+ |
5743 |
13.4 |
更新履歴
Release 2.20 , 08-13-2009
Release 2.19 , 07-13-2009
Release 2.18 , 05-25-2009
Release 2.17 , 04-03-2009
Release 2.16 , 03-31-2009
Release 2.15 , 03-27-2009
最終更新：2010年07月09日 03:05
