segemehl
1. Introduction
segemehlはリファレンスゲノムに対して短いリードをマッピングするソフトウエアです。他のソフトウエアと違いsegemehl はミスマッチだけでなく、insertionsやdeletionsを検出することができます。segemehl はリードの長さに制限がありません。また、プライマーやポリAのついたリードも性格にマッピングすることができます。segemehl はenhanced suffix arrays (ESA)にもとづいてまぅt陳具を行います。
2. Matching model
segemehlは最もスコアの高いシードを見つけます。シードはinsertionsやdeletionsやmismatchesを含みます。 どれだけの変異を許すかはユーザにより指定できます(-D, --differences)。このパラメータにより、実行時間が大きく変化します。次にユーザによって指定されたE-value(-E, --evalue)以下のリードに対してexact semi global alignmentを行います。最後に指定されたaccuracy以上のリードのみがユーザに報告されます。
最終更新：2010年07月09日 05:23
