RMAP

RMAPは次世代シーケンサの出力したリードを正確にマッピングするためのソフトウエアです。

RMAPはIlluminaのリードをマッピングするために開発されましたが、Roche/454やABI SOLiD のreadsもマッピングすることができます。
RMAPはまたクオリティスコアのないリードをマッピングすることができます。
現在のバージョンではpaired-endリードやbisulfite処理されたリードをサポートしています。
リードの長さやミスマッチの数に制限はありません。