合法素材提供者に起こりうる権利侵害

ニコニ・コモンズについてはシステムおよび利用者のモラルから
たとえ合法な素材をアップロードしていても権利侵害のトラブルに巻き込まれる可能性が指摘されています。

誤って営利利用可として登録してしまう

利用範囲の設定の際に営利利用可がデフォルトになっています。
また、項目の説明文章は「無償で自由に利用して構いません」となっており
投稿者が報酬の受け取りを拒否するものと誤読しやすいようになっています。
（クリエイター推奨プログラムを除けば）投稿者が報酬を受け取るようなシステムはニコニ・コモンズには無く
無償でという文言が記述される必要性は全く無いはずです。

親が営利利用不可なのに子が営利利用を許可できる

システム上使用許諾範囲の継承が行われません。

著作者人格権を侵害された場合起こりうるトラブル

ニコニコ大百科の当該ページにおいてトラブルが起こった場合の「対策」が示されていますが…
対策の提案

簡単に言うと「素材の利用法について著作者が不快感を表明した場合ニコニコ大百科の掲示板で晒される」危険性があります。