※以下、本作品の名前は『超絶勇者エヴォルガイザー』と示します。
幾多の可能性によって分岐した選択はそれぞれが独立した歴史を刻んでいく。世界の真実を知った者たちはそれらを時空世界と呼び、その中心たる世界――超次元宇宙と呼ばれる空間に時空警察機構の本部を置き、時空世界の管理を行っていた。
かつて時空警察によって崩壊したはずの時空海賊ランザードが第五時空世界に出現し、そこで開発途中であった永久機関『ガイスト』を奪い逃走する。同時に仲間を奪われた時空警察機構の特殊捜査官、神城タカシは神城吹雪から託された本物のガイストを搭載したガイザード・ガイストと共にランザードを追って地球へと向かう。
ランザード操る金属生命体メタリオンによって地球が恐怖の中に飲み込まれるとき、ガイザード・ガイストは二機のエヴォルマシンと合体し、進化の姿『エヴォルガイザー』となる。
タカシは戦いの最中に仲間となった国際特殊脅威特務対策防衛部隊『LAION』（レイオン）や戦いの中で巡り合った異世界の戦士たちと共に、時空海賊ランザードからこの地球を、全ての時空を護るために今日も戦い続ける。
超次元宇宙という始まりの空間を元に複数の時空世界が存在していることが確認されており、物語の主な舞台となるのは第三時空世界『地球』である。
時代背景として現代とほとんど変わらないが、国際特殊脅威特務対策防衛部隊『LAION』を始めとするオーバーテクノロジーと取れる技術（超AIを搭載したロボットなど）を持った組織が幾つか存在する。
