高得点を取るコツは？ - 己の信ずる道を征け @ 攻略wiki

このゲームでは早くクリアした方がボーナスが高い、という訳ではありません。
主にクリアボーナスに貢献できるのは次の３つ

1. なるべくパネルをめくる事
2. なるべく使った忍者の数を減らす事
3. なるべく敵は倒す事

ここまではストーリーモードもミッションモードも一緒。
ミッションモードの方がストーリーモードに比べて、分身数ボーナスに重点が絞られてると考えられる。
つまりストーリーモードは分身数を犠牲にしてパネルをめくった方が、ミッションモードは分身数をより多く残した方が高得点に繋がりやすい。

■関連項目

• FAQ