結と透伊の出会いから一年と数ヶ月ほど経った頃、警視庁に誘拐殺人事件の調査という仕事が舞い込む。その担当になったのが『特命課』つまりヌシ殿。結さんと透伊ちゃんはそれぞれ警察から捜査協力の要請を受け、三人で事件を調べることになる。
調べるうちに、事件はあるカルト教団の仕業だと明らかになる。教団は世界を滅ぼしかねない邪神を召喚するための生け贄と、召喚のプログラムを組む優秀な技術者を手に入れるため、誘拐と殺人を繰り返していた。また、教団は『イスの偉大なる種族(通称イス人)』という人間よりも遥かに発達した技術を持つ種族と手を組んでいた。
三人は教団への襲げk…………侵入を敢行。その最中、イス人によって造られた転送装置で過去へ転送される。
筈だったが、三人は過去ではなくこの世界に飛ばされてしまった。
