Project Server 2007 では大きく分けて
SQL認証についてはこちらにまとめています。
サーバマシン上にローカルアカウントを作って Project ユーザと結びつける方法。 テスト利用では問題ないが、本番利用を考えるとユーザ管理の手間が馬鹿にならないと思われる。 特に、ユーザ自身にパスワードを変更させることが難しい。(サーバ上に直接ログインしないと いけない、など)
ActiveDirectoryでユーザを作成し、Projectユーザと結びつける方法。 ActiveDirectoryのドメインコントローラとProjectサーバのホストは別に分けておく方が良い (というか、Projectサーバは他の用途と混ぜない方が良い)ので、サーバを2台用意できる 環境向け。
Projectメンバが使用するクライアントPCは、必ずしもドメイン配下に入らないといけない わけではない。Projectサーバがドメインに所属してさえいれば使える。 導入・管理の手間を考えるとかなりお勧め。
WSSの認証プロバイダとして「フォーム認証」を利用することを前提としたユーザ管理手法。 認証プロバイダとしてSQL Serverのテーブルを利用する。 Windows アカウントとは完全に独立してユーザ管理できるため、セキュリティ確保の面では メリットが出てくる。しかし、管理・運用手法がかなり複雑になるため、あまりお勧めできない。 SQL Server、ASP.NET などに関する広範な知識が必要。(かくいう自分は挫折orz) 現状Webから探せるドキュメントでは、ユーザの追加は可能だが削除の仕方が分からない。