新型バイオブリタレーターを破壊した後の一連のイベントが終わると、チャレンジモードに進めるようになる。
メインストーリーは全く同じだが、敵や武器ガラメカがより強くなり、体力も最大１００からチャレンジモードだと２００まで増やせるようになる。
強化武器はショップで買えるぞ。ただしその武器ガラメカをＶ５まで（名称が変わるまで）上げていないと買うことはできない。
レベルが足りない場合はまずレベルを上げよう。
チャレンジモードの最大の特徴は、何と言っても倍率が増えることだ。
ダメージを受けずに敵を倒し続けると最大２０倍までボルトの倍率がアップする。
ボルトが簡単に貯められるぞ。
すでにメインストーリーをクリアしているので、ある程度戦い方などは分かっているはず。
ガンガン倒してガンガン稼ごう。
また、一部のトロフィーはチャレンジモードでないと取れない。
完全クリアを目指すならチャレンジモードは必須となる。
以下、チャレンジモードの詳細を書いておく。
メガ武器およびナンバー９の購入価格は・・・
| メガ ショックキャノン | ４２００００ボルト |
| メガ ナイトロンガバー | ３８００００ボルト |
| メガ Ｎ９０ハリケーン | ４６００００ボルト |
| メガ カンタムロープ | １８００００ボルト |
| メガ ガスボーン | ２２００００ボルト |
| メガ ボルテックスキャノン | １０００００ボルト |
| メガ メデューサー | ５４００００ボルト |
| メガ マオーングラブ | ６６００００ボルト |
| メガ スプリッターライフル | ３４００００ボルト |
| メガ バーサーカー | ５８００００ボルト |
| メガ ホロダイングラブ | １４００００ボルト |
| メガ マルチディスクガン | ５０００００ボルト |
| メガ ブラックスラッシャー | ７８００００ボルト |
| メガ クワッグプリッツァー | ３０００００ボルト |
| メガ マホーダイングラブ | ６２００００ボルト |
| メガ リキッドフリーザー | ２６００００ボルト |
| メガ ヘビーバウンダー | ７４００００ボルト |
| メガ プラズマストーム | ８２００００ボルト |
| メガ テスラバリヤー | ７０００００ボルト |
| ナンバー９ | ３００００００（３００万）ボルト |
ボルト倍率と必要な敵の数
| ×２ | １体 |
| ×３ | ↑＋１体 |
| ×４ | ↑＋２体 |
| ×５ | ↑＋２体 |
| ×６ | ↑＋３体 |
| ×７ | ↑＋３体 |
| ×８ | ↑＋４体 |
| ×９ | ↑＋４体 |
| ×１０ | ↑＋５体 |
| ×１１ | ↑＋５体 |
| ×１２ | ↑＋６体 |
| ×１３ | ↑＋６体 |
| ×１４ | ↑＋７体 |
| ×１５ | ↑＋７体 |
| ×１６ | ↑＋８体 |
| ×１７ | ↑＋８体 |
| ×１８ | ↑＋９体 |
| ×１９ | ↑＋９体 |
| ×２０ | ↑＋１０体 |
また、倍率がリセットされるのは、以下の場合。
