A.D.2170、地球連合軍ノートニー基地。
ザ・サード・ライトニングと呼ばれた激戦から、もうじき一年になる。
基地の窓から見える空は、まるで激戦など無かったかのような、初夏の澄み渡る青空。
数羽の海鳥たちが、楽しそうに空を舞っていた。
そんなノートニー基地に、新たに試験部隊が編成されることになり、４人のR戦闘機パイロットが召集された。
七ツ屋・クライン・レオンハルト少尉。サード・ライトニングをはじめ、激戦を潜り抜けてきた歴戦のパイロット。
黒井 宇宙准尉。R戦闘機が大好きな、元工兵志願のパイロット。
クラリッサ・エヴァーグリーン准尉。データ収集を得意とする、強化パイロット。
そして、スゥ・スラスター大尉。サード・ライトニングをその手で終息させた英雄。
召集された４人に、基地の総司令であるオズワルド・コールマンは早々に緊急事態を告げる。
ノートニー基地から北東にある兵器研究所、そこに保管されていた対バイド拠点防衛四脚戦車「FFV-Type"OMEGA"」がバイド汚染により暴走したのだ。
スゥは基地の防衛に残り、レオン、ソラ、クレアの３人はFFV-Type"OMEGA"の迎撃に向かった。
クレアが眼となり、ソラが装甲を貫き、そこにレオンの放ったバルムンクが突き刺さる。
激闘の末、３人はFFV-Type"OMEGA"の完全破壊に成功し、３人揃って無事に帰還したのだった……。
