FFV-Type"OMEGA"との戦いから１週間が経過した。
束の間の穏やかな時間を過ごしていたレオン、ソラ、クレア、スゥの４人に出撃命令が下る。
FFV-Type"OMEGA"の汚染源と思われるバイド反応が検出されたのだ。
場所は、FFV-Type"OMEGA"が保管されていたセディナ兵器研究所の近くにある広大な地下水脈。
先遣隊として最新鋭小型戦闘潜水艇「グランビア・F」及びTP-2M「フロッグマン」が調査に向かったが消息を絶った。
先遣隊の救出及び汚染源のバイドの殲滅の命を受け、４人は地下水脈へと飛び立った。
地下水脈の入り口の哨戒を命じられたスゥと別れ、３人は地下水脈へと突入する。
クレアの機体のレーダーが友軍反応とバイドの群れを捉え、３人はバイドの群れと交戦、これを殲滅。
フロッグマンとグランビア・Fの搭乗員の救助に成功し、グランビア・F用としてフロッグマンが運搬していた新兵器「超音波魚雷」をレオンのストライダーに取り付け、３人はさらに地下水脈の奥へと進んでいく。
やがて３人は巨大な壁の如き外殻を持つAクラスバイド、「アクエリアス」と遭遇した。
しかしその強固な外殻は超音波魚雷によって粉砕し、軟体質の本体はソラのパイルバンカーとフォースによって砕け散った。
超音波魚雷の衝撃で崩れそうになる地下水脈から急いで脱出し、崩落する地下水脈を後に４人は無事に帰還したのだった。
無事に生還出来たことを喜ぶ４人だったが、サイバーコネクターにより感覚が研ぎ澄まされたクレアが超音波魚雷の衝撃でダメージを受けてしまい、また、レオンも今回の戦いで受けたバイド汚染の影響か、過去の記憶がフラッシュバックする。
それぞれの記憶と想いが交錯する中、レオンの記憶に焼き付いた悪夢が再び迫って来ていた……。
