レオン、クレア、ソラの３人がAクラスバイド「アクエリアス」の撃破に成功したその頃。
衛星軌道上の防衛基地「アイギス２」が、突如として出現した超大型バイド戦艦を発見した。
第一次バイドミッションの頃に確認されたバイド戦艦、「グリーン・インフェルノ」の同型艦。全長１ｋｍを超える超巨大戦艦。
そして、３年前の太陽系外周部で、地球連合軍の防衛大隊を壊滅させた恐るべき相手だった。
地球へと降下しようとするグリーン・インフェルノを阻止するため、アイギス２警備隊所属のR戦闘機パイロット、ルナーは警備隊隊長のニコラスらとともに出撃する。
しかし、グリーン・インフェルノの攻撃により、警備隊はニコラスに庇われたルナーを残し全滅。
ルナーはノートニー基地から救援に駆けつけたレオン、クレア、ソラ、スゥと合流し、グリーン・インフェルノの破壊に向かう。
無数の砲台から放たれる攻撃を掻い潜り、５人はコアのある艦体上部へと機体を翻らせる。
そこに待ち受けていたのは、バイドとなったR-9AF「モーニング・グローリー」。
太陽系外周部での戦いで大破したレオンの機体に自分のブースターを移設し修理した、アシュリー・ベイカー少尉の機体だった。
レオンは自身の因縁に決着をつけ、彼女を醒めない悪夢から救うため、モーニング・グローリーに向けてバルムンクを放つ。
モーニング・グローリーは避けることもせず、静かに白い光に飲み込まれていった。
それはまるで、レオンに感謝しているようだった。
そして、ソラの放ったパイルバンカーがグリーン・インフェルノのコアを貫き、５人はグリーン・インフェルノの完全破壊に成功、ノートニー基地へと帰還した。
ルナーは正式にレオンの部隊へと編入され、作戦は成功に終わった。
しかし、基地へと戻ったスゥは突然倒れてしまったのだった……。
