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26 ああ、美しきカミラ様 （3533～3741）
吸血鬼の集会も終り、吸血鬼「アレキス」とその眷属「イザベル」は日本にやってきていた。一方、「姫」の元へ逃げ込んだ闇朱雀が目を覚ます、しかし彼女は記憶を失っていた。記憶を失った彼女は、「姫」の流言によってかつて不倶戴天としていた「蜘蛛」を婚約者と勘違いしてしまうのだった。そして地獄の闘技場では、サタンと外れし破壊者の戦いが決着し、またエイラの手によって誤解も解ける…外れし破壊者の受難は、一旦の終焉を見るのだった。
吸血鬼「カミラ」は、イザベルを食べるために日本に渡り、大アルカナの一人「悪魔」はハシュルドの望みに応えて彼の居室を目指す。そしてエイラはレイナの元に戻るのだった。
ハシュルドの元に「悪魔」はたどり着くものの、そこでフェルドキルヒ最強の戦闘員「松葉」及び特殊部隊の長「鬼頭」に阻まれる。そして交渉の末、「悪魔」はハシュルドに「死にたくなったら呼んでね」と言い残し姿を消すのだった。同時に、最高幹部会に刃を向けたにも関わらずフェルドキルヒのドックに侵入した「親方」と小楠は「松葉」達の手によって拘束されてしまう。彼女達の運命はいかに…。
アレキスの日本の別荘にやってきたアレキス達、その別室でイザベルはカミラと共に過ごすことになってしまう。カミラの魅了の力に支配され、抵抗できないイザベルだったが、最後の最後でアレキスの助けにより、貞操の危機を乗り越えることに成功するのだった。
27 吸血鬼と天使様 （3742～3954）
貞操の危機を乗り越えたイザベルとアレキスは、カミラに日本を案内することになってしまう。堂々と「イザベルを食べる以外に目的はなかった」と言い切るカミラに何を案内すればいいのかわからない二人は、とりあえずレストラン「大槍」に彼女を案内する。食事を楽しもうとする彼等だったが、そこに一人の少女が迫っていた。彼女の名前は「クリシス」…若きヴァンパイアハンターだった。そしてそのころカノッサの最高幹部「鳳凰」は、「姫」に接触していた。
アレキス達を狙うクリシスだったが、アレキスに敗れ真実を思い出す。「死んだ人は生き返らない」アレキスとカミラによって諭された彼女は、吸血鬼ではなく、本来の仇であった教会に復讐することを誓い、アレキス達と共に教会に向かうのだった。
姫と接触し、闇朱雀に起こったことを知った「鳳凰」は、彼女を姫に任せて帰還する。カノッサ機関に戻った彼を待っていたのは「アダム」の告げるメフィストの真実だった。一方、吸血鬼エムリアを加え教会に殴りこんだアレキス達、順調に教会を制圧する彼らだったが、その前に一人の少女が立ちふさがる。彼女の名前は「ニルヴァーナ」…教会の秘術によって地上に呼び出された正真正銘の「天使」だった。
アレキスとクリシスはニルヴァーナと対峙し、天に帰すことに成功する。最後に彼女の残した言葉を聞いたクリシスは他の天使も天に帰すと誓う。その誓いを知ったアレキス達は「月」に掛け合いクリシスを保護することにするのだった。
28 オベリオン （3955～4170）
月の許可を得たクリシス達は、教会の極東総本山に向かう、そこには三体の天使が存在していた。
エクソシストとカノッサの増援はイザベルとエムリアによって壊滅し、二体の天使もクリシスとアレキスによって駆逐される。…しかし最後の天使…「オベリオン」は最早天使ではなく周囲のものを無差別に飲み込み浸食する怪物と化していた、アレキスは内部にあえて侵入しオベリオンの核を探す。そしてそのころ外部では、最高幹部会「マルス」とエムリア、イザベルが対峙していた。
カミラとエミリアも増援として到着し、緊張の高まる外部だったが、オベリオンの浸食範囲が急速に拡大しイザベルが飲み込まれてしまう。これを危険と判断した吸血鬼一派はアレキスに対策を任せて退避することを決定。エムリアを残して撤退する…そしてアレキスは、オベリオンとイザベル、クリシスをかけて戦っていた。そしてそこのと海沿市では、細枷が犲狼を襲撃する、しかしルシファーが分離したことにより「傲慢」を喪っていた彼女は目覚めると同時に今までの罪に押しつぶされて発狂してしまうのだった。
戦いののちオベリオンを天に帰すことに成功したアレキスは力を消耗したことによりクリシスと別行動をとることにする。クリシスを任されたエムリアはクリシス連れて海沿市に向かうのだった。
29 夜霧の幻想卿 （4171～4369）
海沿市のレストラン「大槍」にて食事を取るクリシスとエムリア、暇つぶしに海沿市を訪れた魔人と天使「ぺネロぺ」、「ブレイズ」、さらに六大罪、隼、GA、松葉、鬼頭、彼らは一様に何か「妙」な気配を感じていた。特に不気味な殺気を感じた小楠を守るため、親方はフェルドキルヒドックの自室を脱出する。彼女たちに迫るさっきとは？
親方達の前に現れた吸血鬼は「トロッペン」と名乗った。強力な吸血鬼である彼の力によって追い詰められる親方、間一髪というところで、彼女達の師匠であるアレキス達が現れる…アレキスとトロッペン、共に序列の上位に位置する吸血鬼同士の戦いが始まろうとしていた。
トロッペンの力に苦戦するアレキス達だったが、親方と小楠の能力によってなんとか彼を消滅させる。しかしそれは「アレキス」とその眷属…そして彼が後見人となっているクリシスが、吸血鬼に…ひいては「月」に逆らったことを意味していた。ブラド、カミラ、エミリアら上位の吸血鬼達も、彼らのことを哀れみながらも粛清を狙う…あらたにGAに参入したアレキス達の運命は…。
30 吸血鬼連隊 （4370～4561）
トロッペンを殺したことで反逆者となってしまったアレキス達は、いずれやってくるだろう追手から身を隠すために、内中市に向かう。同じころ吸血鬼の軍勢を率いる指揮官、エミリアもアレキス達を追って動きだしていた。そのころ、フェルドキルヒ内部では、死んだはずの細枷がリビングデッドとして復活。犲狼目指して動き始める…はたして彼女の運命は…。
白鯨に食べられても何事も無かったかのように復活する細枷。そのあまりのキモさに六大罪の面々は次々と大ダメージを負うが、サタンとルシファーの協力で細枷を地獄に叩き落とす事に成功するのだった。そのころ、内中市に到着した親方一行は、町を牛耳る化無為自動車を撃退する。しかしそのころ、エミリア率いる追手も既に内中市に近づいていた…
内中市郊外で始まった粛清、エミリアの巧みな指揮と、ヒューロ、エムリアの手によって追い詰められるアレキス達だったが、それはエミリア達の策だった。彼女達は派手に粛清を行ったふりをすることで、「トロッペンの残留思念」を破壊し、アレキス達を陥れたものを探す時間を得るつもりだったのだ。とりあえずは危機を脱したアレキス達だったが、傷の深かった親方は死亡してしまう。しかも彼女は「大地を殺す」という大罪を犯したことで裁判を受けることになってしまうのだった。
そのころクリシスは…遭難していた。
31 親方公判 （4562～4696）
あの世の裁判所に連れてこられた親方はそこで裁判を受けることになる。一見すると公平に見える裁判だったが、その裁判は完全な出来レースだった。酔っぱらった弁護士は真面目に弁護をするつもりもなく、親方の地獄行きは決定かと思われた。
一方、遭難していたクリシスは「お仕事」をしにやってきた「悪魔」と出会う。彼の手引きで夢魔の森をぬけだした彼女は、彼の力で自身の両親に会いに行くのだった。そしてそのころアレキス達に用件を伝えたことで暇になったエムリアは、松葉と共にハシュルドの姿を拝みにフェルドキルヒに向かっていた。
「世界の選択」であるという事を考慮された親方は、ローターを始めとする証人の助けもあり、セフィロト救済を持って償いとする判決を下され、現世に復帰することが認められる。そして死神8288号も今までの不正を暴かれ失脚するのだった。そのころ両親と出会ったクリシスは、今までの謝罪をし、未練を断ち切り、次に会うときは死んだときと約束して現世に戻るのだった。
とりあえず親方、クリシスは現世に戻り、それぞれの同行者とともに食事に向かう。そしてエムリアと松葉は鬼頭とハシュルドのいると思われる鬼頭の部屋に向かうのだった。
32 クリシスと新装備 （4697～4795）
内中市の食堂で親方達と再会したクリシスだが、新しい装備を手に入れるために悪魔とともに行動する事に決める。そんなクリシスに悪魔が案内したのは、世界樹の幹部「節制」が長を務める組織「シェプファー」だった。そのころ、松葉とエムリア…そして隼は鬼頭の部屋で変わり果てたハシュルドに遭遇する。ウテナと名乗った彼女は、ハシュルドと混ざり合ってしまったもう一つの存在なのだと言う。はたして彼等は元に戻ることが出来るのだろうか？
33 神威本社 （4796～4912）
魂を喪い、死んだかに思われたセブンディードリーシンスだったが、アダムの力によって一命を取り留める。そして彼女は自身の記憶を探し始めるのだった。
そのころ、親方と別行動を取っていたGAの面々は謎の空間をさ迷っていた。
六大罪の一人梟は、海沿市近くの山に会った祠にて「聖玉」を見つけ、その危険性ゆえにサタンに地獄に封印してもらう。そのころ北極では二つの勢力が行動していた。…カルマと魔人…そして「ベイリー」率いる勢力である。彼らの目的とは…？
カルマと魔人はセフィラを手中にし、その構造の解析を開始する。そして「ベイリー」は北極海で手にした彼の祖国の遺産を持って「神威」に復讐せんとイギリスにある神威の本社を訪ねる…しかし彼と神威のCEO「トム・ティッパー」の主張は食い違うばかり…違和感を感じた彼は、一旦引き揚げ事実関係を調査する事にする…はたして裏で糸を引いているのは何者なのだろうか？
33.5 ショタコン （4913～5008）
節制と恋人は自身の組織で怪しげな発明を繰り返していたが、巨大な戦艦「ハルベルト」を制作し、「皇帝」に試運転させようと企む。一方日本では、「神器」をロキに預けっぱなしにしていたため全力を出せないイザナミが「審判」と遭遇していた。
危機的状況を世界の助けによって脱出したイザナミは魔人にお礼を言うが、彼女は人外が何よりも嫌いなのだと言う…彼女の過去にあるものとは…？一方、フェルドキルヒ専用ドック内で迷子になっていたエムリアは船員キリヤの手を借り脱出に成功する。そして同時刻、海沿市にやってきたアレキス達は、隼と遭遇する…。ショタコン魂に火がついたイザベルをからかうアレキス、軽い口論となっていた二人を隼が止めると、そこに女の子が割り込んできた。
話に割り込んできた少女はミラーカと名乗り、アレキス達と行動を共にすると宣言する。そしてイザベルは隼と散歩に出かけるのだった。
34 平和、そして策動（5009～5147）
連続して起こった騒動も落着し、海沿市で平和なひと時を過ごすアレキス達。しかし、世界の動きは止まる気配を見せない。王子はカルマの母に頼みツエッぺリンを修復し、来るべき襲撃に備え、姫一行は再び王子捜索を開始。世界樹は新たなセフィラを手中に収め、又一つ彼らの目的に近づいていた。そして、ベイリー達の祖国をのっとった男「トム・ティッパー」の背後で糸を引いていた「愚者」も、新たな策謀をうごめかせていた。
ホテルに泊まったアレキス一行はミラーカとイザベル、アレキスとクリシスの間でトラブルを巻き起こしながらも、平和に過ごしていた。しかし平和な日本とは対照的に欧州では不穏な気配が頂点に達していた。イギリスを空中戦艦「ハルベルト」で狙う「皇帝」、彼を利用しイギリス国教会を配乗しようとする「J.P.マイナー」、そして吸血鬼を抹殺しようと動き出した「断罪の無限刃」…混迷を極める欧州の情勢を制するのはいずれの勢力になるのだろうか…
35 破壊欲とか、性欲とか、食欲とか （5148～5328）
英国、ロンドンを襲撃し火の海に変えた「皇帝」は、神威の本拠地リヴァプールに向かう。そのころ、イザベルはミラーカの未成熟な体を前に、ロリコンへの13階段を登りきろうとしていた。
ハルベルト艦内に侵入したローゴは「皇帝」と対峙する、軽い牽制を行った以外は戦闘と言えるようなものも無く「皇帝」を退けたローゴだったが、これらの流れは全て「愚者」の計画の内だった。
そのころアレキス達の滞在するホテルでは、六大罪も巻き込んで楽しい一時が流れていた。そして、ベイリーはトム・ティッパーの裏に潜んでいた者の狙いを看破する。ベイリー、神威、そして「愚者」…彼らの陰謀戦は佳境を迎えていた。
36 寄り集う幕間達 （5329～5505）
英国が空襲で混乱している隙を突き国教会をほぼ壊滅に追い込んだエムリアだったが、断罪の無限刃と遭遇してしまう。圧倒的な戦力差に苦戦する彼女だったが、断罪の無限刃は彼女の身の上を知り刃を引く。そして彼等は吸血鬼の本拠地に向かうのだった。
ベイリーはトムの手中から逃れ、日本へと渡る。黒幕の捜索を開始するベイリー…はたして彼は黒幕の元にたどり着けるのだろうか？
海沿市では、梟と岡島がデートをし、イザベルがアスモダイに操られてミラーカと×××に至るなど、混沌とした様を繰り広げていた。
そして…東欧、トランシルヴァニアでは、ブラン城に滞在するマナの身に異変が起こっていた。
37 胎動する影達、策動する黒幕たち （5506～5695）
満月の元で苦しむマナ。彼の中に潜む「吸血鬼のマナ」…U.Nオーエンによってそれが聖痕の暴走であると知らされた「月」達は時間を早め満月を鎮めることでマナを助けようとする。イデアの聖痕の力も相まって強力な力を発揮するマナだったが、「全力」を出すくとを許されたイデルの活躍で、なんとか時間稼ぎに成功し、マナを元に戻すのだった。
一方バベルの塔では、カルマが魔女の部屋の前で血痕を発見する。そして…戻ってきたマアトが目撃したのは傷ついたカルマと。彼を攻撃する魔女の姿だった。邪神…破壊を権能とする神が動き出そうとしていた。
様々な存在が胎動するなかで、策を巡らせる者達もいた。アスモダイはミラーカを手に入れるために、彼女の欲望を暴走させる。しかしもう少しで彼の望みが叶う…その寸前で現れたミラーカの祖先、マーカラに止められ、挙句説教されるのだった。
黒幕が世界樹であると看破したベイリー…しかし証人に証言させようとした矢先、「魔術師」の手によって証人が暗殺されてしまう。ベイリーは果たして、祖国を取り戻せるのだろうか。そのころ黒幕たる愚者は、自身がかつて失った強大な力を取り戻すために、異端の能力者達、「ゾディアックカエサル」を開放する…その狙いは…ベイリーの持つ宝玉だった。
38 邪神と祖神 （5696～6056）
降臨した邪神、それを察知した実力者達は一斉に行動を開始する。吉岡邪気、サタン…それに魔術、錬金術の始祖達も合わさって邪神を止められる唯一の存在、祖神を降ろそうと言うのだ。降臨した祖神と邪神の戦いによって一時は世界が滅亡するも、最終的には邪神デウス・エクス・マキーナの手によって世界は元に戻るのだった。
一見すると何の意味も無い無駄な滅亡と再生だったが、そこには祖神のある意図が隠れていた。
邪神と祖神が去った後、カルマは瀕死の魔人を発見する。なんとか女教皇の力で一命をとりとめる魔人だったが、その代わりに記憶を失ってしまう。さらには、双蛇の魔女も邪神の影響で記憶を失っていた…カルマの受難が始まろうとしていた。…そして、愚者は自身の力を取り戻し、完全に復活するのだった。
39 バイオハザード （6057～6305）
邪神の一件が終わってから間もないころ、中東で大きな混乱が起こっていた。生物兵器として開発されていた細菌が蔓延し、次々とゾンビ化していく人々。遂にはカノッサ機関…それも最高幹部会まで動くことになるのだった。
そのころ、アレキス達は一人の吸血鬼と対峙していた…彼の名はグラハム、アレキスを始末しようと裏で糸を引いていた反アレキス勢力の首魁だった。狼男と吸血鬼の力を操るグラハムに苦戦するアレキス…しかし親方を始めとする仲間の助けもあり、彼を倒す事に成功する。そして一行は疲れ果てたアレキスとクリシスを宿に運ぶのだった。
40： 夢の世界（6306～6488）
中東では艦長等も参戦し、バイオハザードは順調に収束に向かっていた。そのころ、日本の地では様々な思惑が交差しようとしていた。
奇しくも外れし破壊者とアレキス、クリシスは一斉に自身の過去の夢に落ち、SIは世界の何かに気づいていた。さらに吉岡邪気と食堂の男が会談し…ついに十天使が動き出す。
過去の夢に魘されるアレキスとクリシス、しかし異常を感じたマーカラの提案によって、クリシスの夢を夢魔に調べて貰うことになる。夢魔の森で夢魔と出会った地獄蠅は彼女の協力を取り付け、クリシスの夢の中に潜るのだった。
クリシスの夢の中では、クリシスの「夢の世界」からの立ち退きが行われていた。これが成立してしまえば、クリシスは二度と目を覚ますことは無くなってしまう。地獄蠅と夢魔は、なんとか夢の代理人を退け、クリシスを目覚めさせることに成功するのだった。そしてそのころ、日本の西でも事件が起きようとしていた…
41：鬼の試練・鬼の事件（6489～7147）
GAは昔の知り合いの鬼である緋縁（一鬼）と出会う。彼は傷を負っており、なんでも水鬼と言う種族にやられたのだと言う。彼の依頼を受けて、GAは一路西へ進路を取るのだった。一方、十天使は不倶戴天の敵である吉岡邪気を葬り去るために謀略を巡らし、またその動きに気付いた「愚者」も何かを企んでいた。十天使は「大戦」の先に何を見ているのか…そして「愚者」の悲願とは？そして魔神、吉岡邪気の対決の行方はどうなるのだろうか？
GAは京の都に向かう途中、水鬼の一族の攻撃を受ける。応戦し、彼らを撃退する。そしてそれを遠くから眺めていた存在…四国の大狸、刑部狸を加えて彼等は鬼の本拠地に向かうのだった。そのころ、アレキスの元には「月」が訪れていた。彼女の目的は一つ、アレキスの処罰の免除の為に「昇月の儀」を行うことだった。
アレキスはエミリア、ブラドの試練を乗り越え、昇月の儀に合格する。そのころ、水鬼の頭領「琉鬼」とGAも戦闘を開始していた
神童と呼ばれる琉鬼の力に苦戦するGA一行だったが、刑部狸の持ち出した木槌の力を使った岡島の手により琉鬼を倒すことに成功する。しかし、その代償として一鬼が死亡してしまう。刑部狸はその罰として「あちら側」に送還され、GAも代わりの結界の守り手を探してくるように夜刀神に命じられるのだった。
42：冥界の異変（7148～7362）
一向に動きを見せない諸勢力に業を煮やした十天使は、彼等の望み、「大戦」を引き起こすために動きだす。そして「愚者」は何かを企み「影羅」と接触する。果たして彼等の策動の行方は…？
そのころ天界では、ゼウスと冥王ハデスとの会合が行われていた。冥界での輪廻の異変と天界の天使の異変。その二つに関係があると見た両者は、地上から帰還した天使「ぺネロぺ」等から、教会の仕業の事を知り、それを止めるように彼らに指示する。そして冥王は輪廻の暴走を止めるために、一人冥界に籠るのだった。
43：決戦と冥界落し（7363～7972）
秘術を行使してさらに地上の天使を増やし、吸血鬼に攻撃を加えようとする教会に対し吸血鬼は、天界の天使と協力して攻撃を加えた。
ここに両勢力の総力戦が勃発、欧州、アラスカの2戦線での激戦が始まったのだった。
そのころ冥界では、死神長が裁判を受けるなどの非常事態が起こり、冥王と閻魔も輪廻と裁判に忙殺されていた。
地上に落とされた天使たちはカミラ、ブラド等によって天に帰され、アラスカでは天使たちとアレキス達によって戦いは吸血鬼の勝利に終わる。
このまま吸血鬼の勝利かと思われたが、教会勢力の首魁、「司教」がその力を表し、戦況は混迷を極めて行くのだった。
醜悪な怪物に変じ、その異常な生命力でブラドを追い詰める司教。しかしあと一歩と言う所で、吸血鬼の序列第1位、「ノスフェラトゥ」が現れ、「司教」を消滅させるのだった。
地上の天使を生む秘術を行使していた術師を見つけたアレキス達は、術師を殺そうとするブラド達を止め、天使の提案に従って逆召喚の儀式を行うことで天使たちを天に帰すのだった。
地上での戦いも集結し、全てが平和に終わったかと思われたが、その時真の異変は既に始まっていた。
冥界の輪廻の螺旋が地上で次々と起こる力の衝突の影響に耐えきれず暴走、命を求めて地上に降下を始めたのだ。このまま冥界が落下すれば世界の生きとし生けるもの全てが死に絶えてしまう…一体この世界はどうなると言うのだろうか…
44 全てが始まった日 （7973～8130）
全てはあの三人から始まった。これはそんな三人の出会いの物語。ある日、自身の居た「何処か」からニュクスは地上に落ちてしまう。そこで彼女は一人の少年…「吉岡邪気」と出会うのだった。
彼女を自身と似ていると感じた吉岡邪気は、彼女に世界の事を教える。そしてそんな彼の話を聞いたニュクスの呼びかけによって、彼等は一人の男に会いに行くのだった…その男の名は「食堂の男」…後にカノッサ機関を設立する男だった。
初対面で互いを気に入った3人は、様々な遺跡の調査などを共同で行うようになっていった。そんな中、ある一つの遺跡で彼らがある壁画を見つけたことで、世界は一気に動き出す…その壁画に描かれていたのは「世界を変える方法」。彼ら3人は世界を変える為に組織を作ることを決意する…それこそが「カノッサ機関」…後に世界を支配する巨大組織となる存在だった。
45 始まりは終わりの予感とともに （8131～8255）
カノッサ機関は他の魔眼組織を殲滅しながら勢力を拡大していった。そんなある日、吉岡邪気が二人の子供を連れて来た、「神楽」と「尊」と名乗った二人の子供は、邪気の見徹す目が通じないのだと言う、彼等に隠された秘密とは？さらに吉岡邪気は自身を裏切った組織の粛清時において一人の少女と出会う、その少女は自身を「世界の意思」の娘と名乗り、吉岡邪気に来るべき滅びを伝えるのだった。その予言を一笑に付す邪気だったが、直後にニュクスが連れて来た少女と出会うことで、一抹の不安が彼の胸中に浮かぶのだった、少女は「菊池聖子」…後に魔神キ＝クッチと呼ばれることになる聖の源の少女だった。
46 始まりが終わった日 （8256～8337）
カノッサ機関も大きくなり、ついに魔眼組織最大勢力と雌雄を決しようとしていた。対する魔眼組織の名は『統制会』…『世界の意思を聴く者』と呼ばれる存在が統べる巨大組織、全体の数で劣るカノッサ機関は、吉岡邪気とニュクスの二人を同時に動かす。食堂の男の目論見通りに快進撃を続けた二人は、『世界の意思を聴く者』…覇王を下し、『統制会』との戦いに終止符を打つのだった…覇王の残した言葉を胸に刻みながら
『そして滅び、そうだ、世界は滅びを迎えるであろぅ！私にはしかと見えるぞ、「意思」が世界を包むそのときがなぁ！
・・・くははははぁ！そのとき、貴様は我が言葉を思い出すだろうなぁ？
先も見えぬ者どもが…力におごる者どもが…いいだろう進むがいい。
来るべき滅びの時に…最も小さき者にすがるしか無い自身を嘆くのだな！
全てはその人物と巨大な何かによる企みだ。……
小さき希望の潰えしとき、それが真の終焉と知れ！』
47 世界を滅ぼすもの （8338～8508）
舞台は過去から現代へと戻り、止まっていた物語が動き出す
冥界が依然として落下を続ける中、悪意の塊が遂に本性を現した、その存在の名は『尾を食む星蛇』…『世界の意思』と対立する世界の悪意、そしてそれが宿っているのは『怜奈』…影羅の陰に隠れ続けた宿主の少女だった。
怜奈に殺されそうになりながらもすんでのところで窮地を脱した影羅は、カノッサ機関の人工邪気眼組織『邪気眼Xe』の頭目『百目』の手を借りて食堂の男に危機を伝える。さらに影羅の身体をのっとった怜奈は、食堂の男に自身の次の手駒について伝えるのだった。
そんな中、カルマは一人双蛇の魔女から聞いた昔話に思いを巡らせていた、『世界を覆う』とはどういう意味なのか、誰が滅びを齎すものなのか、そして最後の希望とは一体何なのか…そんな物思いにふけっていたカルマは、バランスを崩し箒から落ちてしまう。それを救ったのは、彼女が恨んでいたはずの『星』だった。星に対しての恨みが薄れていることに気付いたカルマは、『星』と和解するのだった。
動き出した『尾を食む星蛇』、そして他にも存在するだろう黒幕…しかし彼らに対抗する存在である『世界の選択』は、未だに自覚を持っていなかった。
48 会合、意思と選択 （8509～8703）
北海道で人探しの依頼を受けたGAは、捜索に入った山の中で鬼と遭遇し小楠を奪われてしまう。しかし鬼は何者かに依頼を受けただけであり、小楠の様子をみてGAの元に小楠を戻すのだった。そしてGAが全員そろったその場で、途中で現れた『星』が語り始める―世界の意思は自身の選択が正しかったのかと不安に思っている―と。
そのころ、冥界へは天使、大アルカナ、妖精長の混成部隊が向かっていた、目的は一つ…冥界を止めること。そして今の身体を捨て宿主を探す影羅は、親交のあったカルマを宿主にするのだった。
GAを消し去りもう一度世界の選択を選び直そうとする世界の意思に対して、親方は『「選択」したってんなら最後まで信じ抜いてみろと言いたいんだがな』と告げる。そしてGAは『星』の存在判定を乗り越え、もう一度世界の選択として認められるのだった…小楠のおかげで、漸く自覚を伴って。
49 古の怪物、新たなる生物（8704～8787）
新たな影羅の宿主となったカルマは、それを姫に伝える。しばらくの間姫の陣営を離れることを了承された影羅はカルマとともにバベルの塔に向かうの。そのころ、最高幹部会のウジャトもバベルの塔を目指していた、目的は一つ―古の怪物について知るために―。
そして冥界では、ヒュアーら一行の奮戦にも関わらず、冥界の暴走はさらに加速していた。そしてついにその状況を打破するため、B・I・Sの一人、外れし破壊者が冥界に降り立つのだった。
そんな中、怜奈は古の怪物の前に現れていた、彼女の言葉によって真実を思い出した古の怪物は、かつての狂気を取り戻すのだった…怜奈の目論見通りに。
そしてGAの居る山から数キロ離れた大都市「北方市」では、巨大な植物と謎の生物が出現していた…そう、世界の生態系を揺るがす新種の生物が
50 主が汝の名は何かとお尋ねになると、それは応えた『我が名は― （8788～9008）
草体と名付けられた巨大な植物は世界樹の「節制」、「恋人」の生み出した生物だった。巨大な爆発を起こして種子を発射するその生体を危険視した自衛隊は爆破作戦を実行に移す。北方市の近くで依頼を受けていたGAも異変を察知し北方市に現れ、生物と自衛隊、GAの戦いが行われた、親方によって辛うじて草体は停止するも、巨大なマザーが突如出現し南に向かって飛翔するのだった、マザーの目的は新たな繁殖地…そしてそれは北方市から南にある本州の大都市、東北市だった。
自衛隊の渡利ニ佐は一人マザーの存在を危惧し、GAに機密情報を伝える、それを聴いたGA発電所を乗っ取り、生物群を発電所に出現させることに成功するのだった。
GAによって生物が東北市に侵入していることを知った自衛隊はすぐさま生物殲滅の為に動き出す、しかし時すでに遅く、東北市駅前には巨大な草体が出現していたのだった。
自衛隊が草体、小型生物群に対して攻撃を加えようとした時、巨大な生物が発電所近郊に現れた…140メートルはあろうかというその巨大生物は、北方市より費消したマザーだった。成長しきったマザーは自衛隊を一蹴し自衛隊本部までも壊滅させてしまう。このまま草体の種子発射が現実のものとなるのか…誰もがそう思った時、ソレは現れた、170メートルはあろうかという巨体、体中から突きだした刃、赤黒い肌という、とても人とは思えない外見の巨人が。そしてそれこそ、憎悪の邪気眼の力で巨大化した親方だった。
親方の放つ攻撃をマザーはことごとく自身のアンテナを以って中和し無効化してしまう。さらに小型編隊までも飛来し、親方に襲いかかる。さらに親方の決死の突撃すら、マザーは小楠をモデルとした音波攻撃で弾き返してしまう。そんな中、親方の脳裏には小楠の姿が浮かんでいた、世界を守ると小楠と約束した自分が、こんな程度の危機すらも乗り切ることが出来ないのか…？その想いが彼女を覚醒させた、音波の攻撃を受けながらもマザーに向かう親方だったが、その時すでにマザーは必殺の一撃を繰り出そうとしていた。
『今だ！』渡利の声が響いた、自衛隊の残存部隊からの連絡で発電所が再び稼働し、小型編隊を誘導する。そしてその小型編隊は…正に光線を放とうとしていたマザーの正面に現れたのだった。さらに彼等の攻撃は、マザーから角を奪うことにも成功する。マザーは失った角を補うかのような触手で親方を攻撃するものの、覚悟を決めた親方には通じなかった。足を奪われ、さらに胴体を貫かれた崩れ落ちるマザー。全てが終わったと皆が思う中、親方は気付いていた、まだマザーは何かを企んでいる…と。自爆を試みるマザーを親方が押さえつける中、「節制」は一つの決断を下した…それは作品として終わってしまったマザーを爆破すること。節制によってマザーは爆発を起こし、しかしそれは親方に抑え込まれ…遂に種子の発射は行えずにマザーは潰えるのだった。
