通常、ファイルコピー・移動をすると、以下の3段階の状態を取ります。
ファイルコピー中のファイルを更新などされたしまった場合、ファイルが不整合な状態になります。
これをアトミックなファイルコピー・更新をすると、以下の2段階の状態になります。
ファイルコピー中という中途半端な状態がなく、ファイルが存在するか・存在しないかの2つの状態だけになります。今までJava言語ではアトミックなファイルコピーはサポートしていませんでしたが、JDK1.7からサポートするようになりました。(マイクロソフト系のプログラミング言語ではサポートしていたようです。)