ついミスを犯しやすい点として、コピー元のディレクトリ名を「dir1」と指定するか、「dir1/」とスラッシュ(/)を追加するかで挙動が変わる点が挙げられます。
$ rsync -av ~/dir1 /media/disk/backup/ $ rsync -av ~/dir1/ /media/disk/backup/