全てのブキに搭載されている文字通りスペシャルなウェポン。
インクを塗ると溜まる右上のゲージがMAXになった時、右スティック押し込みで発動できる。
発動可能時は頭が光るので相手のキャラクターもこれを見てスペシャル発動可能かどうか判別できる。
スペシャルゲージは床を塗った際の得点で溜まる。塗りが得意なブキほど結果的に速く溜めることが出来る。塗り以外でも「逆境強化」「ガチマッチのルール効果」で溜めることができる。
満タンになるまでに必要なポイント量はそれぞれのスペシャルの項目を確認されたし。
使用するとインクが全回復する為、スーパーセンサーなどの発動モーションが短いスペシャルはインク切れまで打ち込んで補給代わりに発動、などという使い方も。
死亡するとゲージがブキによって定められた基本値だけ減少する。スペシャル減少量ダウンのギアパワーをつけていると減少率が下がる。
| スペシャル減少量：小 | やられた時点で持っていたゲージの40％が失われる |
| スペシャル減少量：中 | やられた時点で持っていたゲージの60％が失われる |
| スペシャル減少量：大 | やられた時点で持っていたゲージの75％が失われる |
| Ver.2.7.0より前の全ブキ | やられた時点で持っていたゲージの50％が失われる |
各スペシャルウェポンのタイプは以下の通り。
発動すると徐々にゲージ消費するタイプと、一瞬で全部使い切るタイプがある。
前者はバリア、ボムラッシュ、スーパーショット、ダイオウイカ。後者はスーパーセンサー。
トルネード、メガホンレーザーは発射先を決めるまでは徐々にゲージを消費し、発射した瞬間にゲージは0になる。
ゲージを消費するタイプ（スーパーセンサー以外）はギアパワー「スペシャル時間延長」で減るスピードを遅くできる。ゲージが0になるとスペシャルウェポンが終了になる。
スーパーセンサーの場合は「スペシャル時間延長」で捕捉時間が長くなる。
ゲージを消費中にやられた場合、やられた時点でのゲージが保持量と判定され、リスポーン時点後ゲージはその保持量から減らされる。
スーパーショットやボムラッシュ発動中、トルネードやメガホンレーザーの発射場所設定中にやられた場合が、該当する場面である。
スーパーショットやボムラッシュは、発動して撃てたにもかかわらずスペシャルゲージが残った状態で再開できるのでまだマシであるが、それに対してトルネードやメガホンレーザーは、発動できていないにもかかわらずゲージを消費した状態からさらにスペシャルゲージが減少するため、非常にもったいない。
（バリア・ダイオウイカは普通なら発動中にやられないので関係ないが、場外判定でリスポーン送りになった場合には上記と同じ処理になる。）
スーパーセンサーやバリア、ダイオウイカを抱え落ちしないように「やられる寸前で」発動する、これでは間に合わないことが多い。
そもそもスプラトゥーンでは見えていることと実際に起こることは別処理である。例えば、自分の見た目では明らかにチャージャーの攻撃を避けたのに、相手目線ではチャージャーの攻撃を当たっていたなら、その情報が見た目側に受信された時点でやられてしまう。ダイオウイカも現在の自分が回避したところで過去の自分が当たる位置にいたならば異次元判定でやられる。
というわけで抱え落ち防止のためにも0.5秒ぐらい先の未来を読んで早め早めに発動したほうが良い。
なんらかの事情でスペシャルウェポンが終了された場合（やられた場合を除く）、強制的にゲージは0になる。
現在のところ、スペシャルウェポン発動中にガチホコを持った場合でのみ確認できる。
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タイプ | 効果付加型 |
| 必要塗りpt | 180pt | |
| 対応ブキセット |
わかばシューター ラピッドブラスター ホットブラスターカスタム H3リールガンチェリー パブロ・ヒュー スクイックリンα ヒッセン スプラスピナーコラボ ハイドラントカスタム |
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| ダメージ | ||
| 持続時間 | 4.5秒間 |
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タイプ | 効果付加型 |
| 必要塗りpt | 180pt | |
| 対応ブキセット |
・クイックボム スプラシューター ヒーローシューター レプリカ スプラスピナーリペア ・スプラッシュボム ノヴァブラスターネオ スプラチャージャー ヒーローチャージャー レプリカ スプラスコープ スクリュースロッシャー ・キューバンボム シャープマーカー ラピッドブラスターデコ プライムシューターベリー ・チェイスボム カーボンローラーデコ |
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| ダメージ | サブウェポンを参照 | |
| 持続時間 | 6秒間(ボムに依らず一定) |
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タイプ | 武装変更型 |
| 必要塗りpt | 220pt | |
| 対応ブキセット |
ボールドマーカー7 プロモデラーMG シャープマーカーネオ スプラシューターコラボ ノヴァブラスター H3リールガンD Rブラスターエリート プライムシューターコラボ オクタシューター レプリカ カーボンローラー スプラローラーコロコロ ホクサイ・ヒュー スクイックリンβ スクリュースロッシャーネオ バケットスロッシャーソーダ スプラスピナー |
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| ダメージ | 150 | |
| 持続時間 | 6秒間 |
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タイプ | 効果付加型 |
| 必要塗りpt | 200pt | |
| 対応ブキセット |
もみじシューター N-ZAP85 .96ガロン デュアルスイーパー H3リールガン ダイナモローラー 14式竹筒銃・乙 リッター3K 3Kスコープ ヒッセン・ヒュー ハイドラント スプラチャージャーベントー スプラスコープベントー |
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| ダメージ | マーキング | |
| 持続時間 | 9秒間 |
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タイプ | 特殊武装型 |
| 必要塗りpt | 160pt | |
| 対応ブキセット |
.52ガロン ホットブラスター L3リールガン ボールドマーカー デュアルスイーパーカスタム ロングブラスターネクロ Rブラスターエリートデコ スプラローラー ヒーローローラー レプリカ ダイナモローラーバーンド スプラチャージャーワカメ スプラスコープワカメ 14式竹筒銃・甲 バレルスピナーリミックス |
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| ダメージ | 10/f | |
| 持続時間 | 2秒間(メガホン) |
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タイプ | 特殊武装型 |
| 必要塗りpt | 180pt | |
| 対応ブキセット |
ジェットスイーパー N-ZAP89 プライムシューター .52ガロンデコ プロモデラーRG ロングブラスター パブロ ダイナモローラーテスラ 14式竹筒銃・丙 バケットスロッシャー バレルスピナー スプラシューターワサビ |
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| ダメージ | 10～2.5/f 合計566.25 | |
| 持続時間 | 1秒間(爆撃部)1.5秒間(ダメージ判定) |
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タイプ | 特殊武装型 |
| 必要塗りpt | 200pt | |
| 対応ブキセット |
ボールドマーカーネオ プロモデラーPG N-ZAP83 L3リールガンD .96ガロンデコ ジェットスイーパーカスタム ロングブラスターカスタム パーマネント・パブロ ホクサイ スプラローラーコラボ スクイックリンγ リッター3Kカスタム 3Kスコープカスタム バケットスロッシャーデコ バレルスピナーデコ |
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| ダメージ | 160 | |
| 持続時間 |
5.0秒間 |
