ポケモンサンムーンが未解決にあったので
舞台はハワイをモデルにした、島々の集まったアローラ地方。
主人公はカントー地方から、メレメレ島に引っ越してきたばかり。（デフォルト名は男はヨウ、女はミヅキ）。
ポケモン博士であるククイに呼ばれ、この島のしまキングであるハラに会いに行く。
しまキング・しまクイーンは、アローラの四つの大きな島のそれぞれの代表責任者。ポケモントレーナーの実力者でもある。
キング・クイーンは、カプ神というそれぞれの島の四体の守護神であるポケモンに選ばれる。
リリィタウンでククイ博士と別れた後、主人公は町から離れて走って行く少女を見かける。
少女は、カバンの中のポケモンに引っ張られているよう。
主人公が追いかけると、彼女の手持ちのポケモンである「ほしぐもちゃん」がカバンから飛び出してつり橋の上に飛び出る。
橋の上でオニスズメの群れに襲われるほしぐもちゃん、少女は高所が怖くて助けられない。
主人公が代わりにつり橋に行き、ほしぐもちゃんを助けようとするとほしぐもちゃんがエネルギーを放ち橋を破壊する。
ほしぐもちゃんと共に落ちる主人公だったが、橋の先の遺跡に棲む守護神カプ・コケコが飛んできて助けた後に去る。
少女の名前はリーリエ。ククイ博士の所で三か月前からお世話になっている。
トレーナーではない為、ほしぐもちゃんはカバンに入れている。リーリエはバトルが怖いらしい。
リリィタウンに戻った主人公とリーリエ。主人公はハラから、ニャビー・モクロー・アシマリのポケモンの中から一体貰う。
アローラ地方では十一歳以上になると島巡りという、各地の試練をポケモンで攻略するこの地方独自の儀式である。
共に島巡りを行うハラの孫であるハウとポケモンバトルをし、家に帰った。
次の日から、ハウと共に島巡りへと挑戦する主人公。ハウとは何度も対戦する。
ハウは楽しみたくて、島巡りやポケモンバトルに挑戦するという。
またリーリエはカバンの中のほしぐもちゃんを、元の住処に帰そうとしており、その場所を探す為に主人公達と同行する。
試練には島キャプテンと呼ばれる、キング・クイーンから選ばれた二十歳以下のポケモントレーナーが案内をする。
島キャプテンは、島巡り挑戦者に試練を与える。全部で七つの試練がある。
またキャプテンは主ポケモンという通常よりも強化されたポケモンを育てており、それを試練として戦わせる。
試練の途中でスカル団という、骸骨のキャップを付けた集団に何度も邪魔され、バトルを挑まれる。
スカル団は島巡りを失敗し、社会から爪弾きされた若者達。トレーナーからポケモンを奪ったりカツアゲしたりする。
またグラジオという用心棒の少年を雇っており、そいつも主人公にバトルを挑んでくる。
メレメレ島のイリマの試練を越え、島クイーンのライチが治めるアーカラ島へ。
この島のキャプテンである、スイレン、カキ、マオの試練を越えてそれぞれの主ポケモンを倒していく。
最後にカプ神の一体のいるアーカラ遺跡で、島クイーンのライチと戦う。
途中でエーテル財団というポケモン保護を目的とした、研究団体の人達と遭遇する。彼らはスカル団と敵対している。
リーリエと別れ、人工島のエーテルパラダイスに行き、代表であるルザミーネに会う。
ルザミーネはポケモンが好きで、「子供は親の言う事を聞くのが幸せ」という考え方の持ち主であった。
会話中に自身が起きて、天井の空間に穴が開き別次元のポケモンであるウルトラビーストと呼ばれる存在が現れる。
主人公が撃退する。ルザミーネは消えたウルトラビーストを見て、「あの子がやはり必要」だと呟き笑う。
ルザミーネが言うには、ウルトラビーストもまた保護するべきポケモンであるという。そして主人公とハウに別れを告げた。
三つ目の島のウラウラ島へと向かう主人公達。
島巡りの途中で、スカル団のトップであるグズマにバトルを吹っ掛けられ、主人公は倒す。
グズマは元々、島巡りを終えた若者であったがキャプテンに認められず、色々あって落ちこぼれてスカル団を結成した。
島キャプテンである、マーマネとアセロラのそれぞれの試練を越えて主ポケモンを倒す。
アセロラの試練を越えた後、アセロラが住んでいるエーテルハウスに向かう主人公。
エーテルハウスでは子供やポケモンを預かっているのだが、そのポケモンの一体がスカル団によって攫われていた。
主人公一人だけでスカル団のアジトへと来いと言葉を残していき、主人公はポケモンを助けに行く。
海を越えて、島キングであるクチナシに通してもらい、ポータウンへ。
たくさんいるスカル団を倒し、一番奥にいるグズマとバトルし倒す。グズマは素直にポケモンを解放。
ポケモンを捕まえていたクチナシから預かり主人公はエーテルハウスへと戻る。
エーテルハウスでは主人公がいない間に、スカル団によってリーリエが攫われていた。
後から入って来たグラシオが怒り、八つ当たり気味に主人公とバトルする。
グラジオが言うにはリーリエが連れていたほしぐもちゃんこと「コスモッグ」は、この地に災害をもたらす可能性がある。
グラジオに頼まれ船へと向かう主人公。そこにクチナシが現れてバトル。勝利すると大試練達成を告げる。
強くなるのにスカル団なんて頼るなと、グラジオに告げた後にクチナシは去って行った。
その後、ハウが船着き場に走ってくる。ハウはリーリエが攫われる時におびえてしまっていた。
しかし楽しくなくても、皆を笑顔にしたいとハウは覚悟を決めて向かう。
グラシオがリーリエが攫われた場所は、エーテルパラダイスだと答える。
スカル団とエーテル財団は裏で繋がっていた。ポケモンをスカル団が捕らえ、エーテル財団が研究していたのである。
人工島エーテルパラダイスへと船で侵入した、主人公達。エーテル財団の職員達から隠れ、時には戦い倒す。
エーテル財団ナンバー２のザオボーと戦い、一度は騙されるも倒して先に進む鍵を手に入れる。
奥ではスカル団とグズマが待ち受ける。グズマは島の誰にも認められなかったがルザミーネに認められた為に雇われていた。
グズマを倒すと、その先にルザミーネとリーリエがいた。ルザミーネはリーリエとグラシオの母親だった。
かつて夫と共にウルトラホールという別世界について、ルザミーネは研究していた。
しかし研究は失敗し、夫はウルトラホールに飲まれて行方不明。その後ルザミーネは性格が自己中心的に変化する。
自分の好きなポケモンを、保護という名目で凍結してコレクションする。一方的な愛着の持ち主となっていた。
母親を恐れ、グラシオは研究ポケモンで捨てられたタイプ：ヌルを、リーリエはコスモッグを連れて逃げ出した。
コスモッグにはウルトラホールを開く能力があり、箱に閉じ込め強いストレスを与える事でその能力を発動させる。
主人公はルザミーネと戦闘し、倒す物の、ウルトラホールが開く。
アローラの空に開いたウルトラホールから、ウルトラビースト達が現れてアローラ地方の島々へと襲撃。
島キングやカプ神は力を合わせて迎撃する。
ルザミーネはコスモッグを捨てて、グズマに命令し、ウルトラビーストを捕まえにウルトラホールの中へと入り消える。
コスモッグは小さくなり、前の様に泣き声を発したりしない。リーリエがカバンに入れる。
とりあえず、エーテルパラダイスで一休みした次の日。
リーリエは外で活動的な服装に変わっていた。主人公に今までのお礼を言い、母やほしぐもちゃんを助けたいと告げる。
グラジオが現れ、ルザミーネの道具から伝説のポケモンを呼び起こす為の笛を渡される。
伝承から、伝説のポケモンならばウルトラホールを開く事ができるのではないかと考えるグラジオ。
ハウも皆を笑顔にする為に頑張ると、手伝う事を告げる。グラジオは残ってエーテルパラダイスの問題ごとを引き受けた。
四つ目の島のポニ島に辿り着いた主人公とリーリエ。
現在、この島には代表がいない。ハプウという少女と共にカプ神の遺跡へと向かう。
途中でグズマを助ける為に、スカル団の集団が主人公達に襲い掛かるが、最後は主人公にグズマを助けてほしいと頼む。
遺跡に着くとハプウがカプ神に認められ、島クイーンとなった。
ハプウからかつて、別次元から現れてカプ神達と戦った伝説のポケモンについて話を聞く。呼ぶためには二つの笛がいる。
村の長に頼みナッシーアイランドへ行き、島の奥で笛を入手。太陽の笛と月の笛が揃う。
ポニの大峡谷でハプウの試練を受けて倒す、さらに祭壇を目指して進む主人公とリーリエ。
さらに途中でキャプテンのマツリカから最後の試練も受けて、主ポケモンを倒す。
そして洞窟を越えて、日輪（月輪）の祭壇に辿り着いた主人公とリーリエは、祭壇に横に並び笛を吹いた。
すると光が差し、コスモッグがソルガレオ（ルナアーラ）へと進化。次元を超えてウルトラホールへと二人は突入した。
薄暗く、大きなクラゲの様なウツロイドがうようよといるウルトラスペース。
攻撃的な性格であったグズマが、すっかりと落ち込んでいる。
さらに進むと、たくさんのウツロイドに囲まれてご満悦のルザミーネがいた。
彼女は言う、自分の好きな物がたくさんあればそれでいい、家族も必要ない、さっさと帰れと告げる。
昔の様に弱気ではなくなったリーリエは、私は物では無いし意志があり、母親である貴方を無理矢理にでも連れて帰ると怒る。
娘の性格が変わったのは主人公のせいだと、ルザミーネとバトルとなる。ウツロイドと一体化し、ポケモン達も強化。
ポケモン達を倒すとルザミーネは自身で主人公に襲い掛かるが、そこにソルガレオ（ルナアーラ）が現れて光を放つ。
するとルザミーネとウツロイドが分離する。倒れたルザミーネに走り寄るリーリエ。
ウツロイドの毒でおかしくなっていたルザミーネ、リーリエに「貴女、少しは綺麗になったのね」と告げて気を失う。
周囲のウツロイドが威嚇する中、主人とリーリエはグズマとルザミーネを連れ、ソルガレオ（ルナアーラ）と元の世界に帰る。
遺跡へと戻った一同。ハプウに言われ、グズマは意識を失ったルザミーネを病院へと連れて行く。
ソルガレオ（ルナアーラ）にお礼を言うリーリエ。伝説のポケモンは元の世界に帰らず、主人公達と居たいと示す。
トレーナーではないリーリエの代わりに、主人公がソルガレオ（ルナアーラ）を捕獲した。
リーリエはずっと一緒にいたコスモッグに色々と告げて、これからは母と共にいると別れ、アローラと手を振り去って行った。
遺跡にクチナシが訪れ、主人公に対してククイ博士の伝言を告げる。
昔、アローラ最大の山であるララキナマウンテンで、四人の島キング・クイーンと戦う大大試練という物が存在した。
ククイ博士はアローラ地方にもポケモンリーグを作ろうとし、今それが完成したのだと言う。
三番目の島のウラウラ島。そのララキナマウンテンへと着いた主人公。
入り口のエレベーターの前でグラジオが待ち受け、妹や母親の事でお礼を言う。
そして自分を示すのはバトルしかないと、主人公に戦いを挑む。
倒すと笑顔を向け、リーリエが主人公の事を世界一のトレーナーであると聞いたという。
「悪くない関係だった、これからも勝ち続けろ！」と言って立ち去る。
山を登って行くと今度はハウが現れる。全ての試練を越えたハウはどっちがリーグに挑戦するかとバトルを挑む。
倒すとチャンピオンになれと激励するハウ。「引っ越してきたのが主人公で、俺ほんとうによかった！」とハウは去った。
アローラ地方、最初のチャンピオンリーグ。ククイはリーグを新設する為、カントー地方に赴き戦ったという。
他地方の四天王をまねて、四人のトレーナーを集めたククイ。島キングのハラ、島クイーンのライチ。
クチナシが辞退したため代わりに来たアセロラ。ククイが集めた当時はいなかったため、代わりに呼ばれたカヒリ。
そして四天王を倒した主人公はアローラ地方、最初のリーグチャンピオンの座についたのであった。
そこにククイ博士が現れ、主人公を祝福する。そして最初の挑戦者として、ククイ博士がバトルを挑んできた。
ククイ博士に勝利すると、ククイ博士はアローラのトレーナーの素晴らしさを世界に知らせたいとリーグを作ったと言う。
殿堂入りする主人公のポケモン。四天王たちも集まり主人公を讃える。そしてりりィタウンへと戻り、皆を集めて祭りを行う。
祭りも夜になり、リーリエに連れられ、最初に壊れて作り直された吊り橋の先へと二人で行く。
リーリエは主人公と出会った際に助けてくれたカプ・コケコの像に、お礼を言う。主人公も続いてお礼を言おうとする。
するとカプ・コケコが現れ、バトルを挑んでくる。
戦いが終わり、主人公がリーリエと共に村へと戻る。最後に皆でチャンピオンを讃えた。
次の日、船着き場にいたリーリエ。
未だに毒の後遺症で横になる母親を助ける為に、カントー地方のポケモン研究者に会いに行くらしい。
主人公にピッピ人形を渡し、さようならを告げて去っていくリーリエ。
泣くハウにククイ博士は慰める。主人公もまた自宅へと戻るのであった。
まとめると
・舞台はハワイみたいな島の集まりであるアローラ
・アローラには他のポケモンのジムバッジ集めに相当する、島巡りという制度がある
・ポケモン保護団体のエーテル財団、代表であるルザミーネはかつての研究で頭がおかしくなっている
・ウルトラホールというウルトラビーストのいる次元にルザミーネは行きたがっていた
・娘であるリーリエはポケモンで実験する母を恐れ、コスモッグを連れて逃げ出す
・コスモッグを故郷を探す為、主人公の島巡りに着いてくるリーリエ
・途中で捕まり、コスモッグの力を無理矢理引き出し、ウルトラホールを開けてルザミーネはウルトラスペースへ
・島巡りの果てに、コスモッグを進化させて伝説ポケモンにし、その力で主人公とリーリエもウルトラスペースへ
・ルザミーネを倒して正気に戻し、元の世界に帰る主人公達
・島巡りを終えた主人公に、ククイ博士がアローラにチャンピオンリーグを作ったと告げる
・そして主人公はリーグを勝ち抜き、アローラ初のチャンピオンとなる
・祭りの次の日、リーリエは母を回復させるために、カントーのポケモン研究科に会いに行く。主人公にお礼と別れを告げる
以上です。
あと追記として
エーテル財団のほとんどの人は、ルザミーネがウルトラホールについて研究している事を知らない
グラジオが後にエーテル財団の代表となる
グズマは後にスカル団を解散させています
ポケモン乙です
アニメの方は時々見てたけどだいぶマイルドになってたんだな
原作は親子和解せずに終わっちゃうのね
