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終了するための条件をフラグとして持っておき、
runメソッドの外部でそのフラグを操作できるようにしておくと良い。

class ClassA extends Thread {
  private boolean flas1 = true;
  public void threadStop() {
     flag1 = false;
  }

  public void run() {
     while(flag1) {
        //処理内容
     }
  }
}