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FileSystemObjectを使うと色々なファイル操作が簡易に出来る。
参考に書いたサイトを見て、色々書いてみよう！

よく使う例を記載する。
(例1)ドラッグ&ドロップしたファイルを別の名前としてコピー

var fs = new ActiveXObject("Scripting.FileSystemObject");
var arg = WScript.Arguments;
fs.CopyFile(arg.item(0),fs.buildpath(fs.GetFile(WScript.ScriptFullName).ParentFolder,"test.txt"));

(例2)ドラッグ&ドロップしたファイルを読み込む

ForReading = 1;
var fs = new ActiveXObject("Scripting.FileSystemObject");
var arg = WScript.Arguments;
var read_text = fs.OpenTextFile(arg.item(0),ForReading);
while(!read_text.AtEndOfStream) {
   var text_line = read_text.ReadLine();
}

(例3)フォルダ内のファイル一覧を取得する。

var fs = new ActiveXObject("Scripting.FileSystemObject");
var folder = fs.GetFolder("フォルダパス");
var files = new Enumerator(folder.Files);
while (!files.atEnd()) {
   WScript.Echo(files.item());
   files.moveNext();
}

(例4)指定のファイルを出力したり読み込んだり。

/*出力方法*/
var fso = new ActiveXObject("Scripting.FileSystemObject");
var folder_path = fso.getParentFolderName(location.pathname); //パスの取得
var text_data = fso.CreateTextFile(ファイルパス,true,false);
text_data.writeLine("test");//1行の書き込み
text_data.close();

/*入力方法*/
var fsi = new ActiveXObject("Scripting.FileSystemObject");
var file = fs.OpenTextFile( "C:/Temp/renso.txt", 1, true, 0);
while( !file.AtEndOfStream )
{
  WScript.Echo(file.ReadLine());
}
file.Close();
fsi = null;

参考：
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc428078.aspx
http://d.hatena.ne.jp/nacookan/20080221/1203607060