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コマンド実行は以下のような方法で出来る。
他にもレジストリ操作等もできるので、是非使ってみたい。

var shell = WScript.CreateObject("WScript.Shell");
shell.run("コマンド内容",0,false); 
//run以外にもexec等がある。大きな違いは標準入出力が使えるか否か。
//余談だが、次のようにするとポップアップ表示できる。shell.Popup("message",0,"title",1);
shell = null;

参考：
http://kokufu.blogspot.jp/2006/10/run-exec.html