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■コマンド理解に役立つ前提知識

rsa	RSA暗号
req	CSRのためのコマンド
x509	証明書の規格

■鍵作成系

秘密鍵を作成	openssl genrsa -暗号化ルール -out 秘密鍵.pem
公開鍵を作成	openssl rsa -pubout -in 秘密鍵.pem -out 公開鍵.pem
秘密鍵と公開鍵のセットを作成	openssl req -x509 -newkey rsa:2048 -keyout 秘密鍵.pem -out 公開鍵.pem -subj '/属性1=xxx/属性2=yyy' ※パス無しにするには-nodesをつける
鍵のパスフレーズ解除	openssl rsa -in 鍵の名前.key -out 鍵の名前.key

■証明書系

csrの作成	openssl req -new -days 日数 -key 秘密鍵.key -out CSR名.csr
csrの確認	openssl req -in CSRの名前.csr -text
crtの作成(※)	openssl ca -in CSRの名前.csr -out CRTの名前.crt
crtの確認	openssl x509 -in CRTの名前.crt -text
ホスト名(ポート番号)に関連する証明書を表示。	openssl s_client -connect ホスト名:ポート番号 -showcerts

(※)
通常は秘密鍵準備ー(情報入力)→CSR作成ー(署名)→CRT作成と段階を踏むが、

openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -keyout 秘密鍵.key -x509 -days 365 -out 証明書名.crt

のようにx509オプションを追加すると、CSR作成を割愛することが出来る。
上記はCSRの署名を認証局に依頼せずに、自ら実施するオレオレ証明書作成時によく使われる。

■ファイル暗号化系(公開鍵 & smime使用)

暗号化	openssl smime -encrypt -aes256 -in secret.zip -binary -outform DEM -out secret.zip.crypt public_key.pem -stream
複合化	openssl smime -decrypt -in secret.zip.crypt -binary -inform DEM -inkey private_ssl_key.pem -out decrypt.zip

■秘密鍵の形式変換

pem=>der	openssl rsa -in xxx.pem -out xxx.der -outform der
der=>pem	openssl rsa -in xxx.der -out xxx.pem

※公開鍵の場合はrsaではなく、x509にすると良い。

関連：
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http://www.openssl.org/docs/apps/s_client.html