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読み込んだ文字列をどうするかで文字列操作が生きてくるわけだが、
読み込んだ文字列をどのように格納するかについて書かれていないサイトが多い気がする。
よく書かれている書き方だと、

//最初のあたりは[[トップページ/コンテンツ/プログラミング入門/Java入門/Java入出力]]を参照のこと
BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(filename));
String line;
while((line = reader.readLine()) != null) {
   System.out.println(line);
}

と書かれているものが多い。
しかし、これだと標準出力に出すのではなく、変数に格納するにはどうすれば良いのかが分かりにくい。
ということで、StringBufferを使ったやり方メモしておく。

BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(filename));
String line;
StringBuffer all = new StringBuffer();
while((line = reader.readLine()) != null) {
   all.append(line);
   all.append('\n'); //改行用
}

とすると、allにfilenameで指定したファイルの内容