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map.clearOverlays();　←mapはGMap2オブジェクト。map上のオーバーレイをすべて消す。ドラッグするとまた表示されるらしいが・・・
GMarkerクラスのhide(); ←markerを非表示にできる。

マーカーマネージャーの場合の削除方法は現在調査中。
GMarkerManagerを使わず、MarkerManagerを使う方法が最善のようだ。
removeMarkerとすることでmarkerを削除できる。

MarkerManagerを使用するには、ライブラリのソースコードを読む必要がある。
http://googlemapsapi.blogspot.com/2007/03/new-open-source-utility-library-for.html

markermanager.js:http://www.google.com/codesearch?hl=ja&q=markermanager.js+package:http://gmaps-utility-library-dev%5C.googlecode%5C.com+show:EwF6jO1rPuQ:sdG977SdS2Q:VtJ-c0hasnw&sa=N&cd=6&ct=rc&cs_p=http://gmaps-utility-library-dev.googlecode.com/svn&cs_f=dragzoom/examples/scripts/markermanager.js