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inline void setPixel(IplImage *image,int x,int y, unsigned char *param) {
   image->imageData[y*image->widthStep + x*image->nChannels] = param[0]; //B
   image->imageData[y*image->widthStep + x*image->nChannels + 1] = param[1]; //G
   image->imageData[y*image->widthStep + x*image->nChannels + 2] = param[2]; //R
}

といった関数を用意し、

 IplImage* image;
 image = cvLoadImage("./test.jpg");
 cvNamedWindow("RGBSetTest");
 unsigned char param[] = {30,30,30};
 for(int y = 0; y < 300; y++) {
   for(int x = 50; x < 200; x++) {
   setPixel(image,x,y,param);
   }
 }
 cvShowImage( "RGBSetTest", image );
 cvWaitKey(0);
 cvDestroyWindow("RGBSetTest");

といった形で設定してしまうなども一つの手。
他にも、cvSet2Dという関数があるらしい。
尚、HSV等で指定する場合にはcvSplitで分けてから、
cvSet等で設定するのが無難か。