| ■上場■ | 6社 |
| ＜2006年10月２日＞ | |
| 株式会社インテックホールディングス | （2008年３月26日廃止＝ＩＴホールディングス株式会社に株式移転） |
| 株式会社ＪＢＩＳホールディングス | |
| 株式会社山口フィナンシャルグループ | |
| ＜2006年10月３日＞ | |
| 野村不動産ホールディングス株式会社 | |
| ＜2006年10月13日＞ | |
| ＳＲＩスポーツ株式会社 | |
| ＜2006年10月24日＞ | |
| 出光興産株式会社 | |
| ■２部から所属変更（※はマザーズから）■ | 1社 |
| ＜2006年10月２日＞ | |
| 株式会社学情 | |
| ■２部に指定替え■ | 0社 |
| ■上場廃止■ | 0社 |
| ■■2006年10月末上場企業■■ | 1700社 |
