| ■上場■ | 1社 |
| ＜2013年９月20日＞ | |
| 株式会社オープンハウス | |
| ■２部から所属変更（※はマザーズから）■ | 4社 |
| ＜2013年９月12日＞ | |
| パラカ株式会社 | ※ |
| ＜2013年９月25日＞ | |
| 株式会社エー・ピーカンパニー | ※ |
| ＜2013年９月26日＞ | |
| 日精エー・エス・ビー機械株式会社 | |
| ＜2013年９月27日＞ | |
| 株式会社エムアップ | ※ |
| ■２部に指定替え■ | 0社 |
| ■上場廃止■ | 11社 |
| 2013年９月17日 | 株式会社ＭＸモバイリング＝＜全部取得・ＭＸホールディングス株式会社＞ |
| 2013年９月26日 | 株式会社デジタルハーツ＝＜株式移転・株式会社ハーツユナイテッドグループ＞ |
| 2013年９月26日 | 日本カーリット株式会社＝＜株式移転・カーリットホールディングス株式会社＞ |
| 2013年９月26日 | 東急コミュニティー株式会社＝＜株式移転・東急不動産ホールディングス株式会社＞ |
| 2013年９月26日 | 住友軽金属工業株式会社＝＜合併・ＵＡＣＪ株式会社＞ |
| 2013年９月26日 | 日本電産トーソク株式会社＝＜株式交換・日本電産株式会社＞ |
| 2013年９月26日 | 日本電産コパル株式会社＝＜株式交換・日本電産株式会社＞ |
| 2013年９月26日 | 株式会社紀陽ホールディングス＝＜合併・株式会社紀陽銀行＞ |
| 2013年９月26日 | 東急不動産株式会社＝＜株式移転・東急不動産ホールディングス株式会社＞ |
| 2013年９月26日 | 東急リバブル株式会社＝＜株式移転・東急不動産ホールディングス株式会社＞ |
| 2013年９月26日 | 住金物産株式会社＝＜合併・日鉄住金物産株式会社＞ |
| ■■2013年９月末上場企業■■ | 1744社 |
