| No. | ボーナス名 | DP | 倍化 | 詳しい条件・備考・倍率 |
| 001 | クリアボーナス | 8 | ○ | クリア回数が倍率 |
| 002 | レベルボーナス | 4 | ○ | デュエリストレベルが倍率 |
| 003 | 敗北 | 10 | × | デュエルに敗北した |
| 004 | 引き分けボーナス | 50 | × | デュエルに引き分けた |
| 005 | ターン数ボーナス | 2 | ○ | ターン数が倍率 |
| 006 | タッグ勝利ボーナス | 200 | × | タッグデュエルで勝利した |
| 007 | 通信デュエル勝利ボーナス | × | 通信対戦で勝利した ※下記注意 | |
| 008 | マッチ勝利ボーナス | 50 | × | マッチ戦で勝利した |
| 009 | レベルアップボーナス | 500 | × | レベルアップした |
| 010 | デュエリストボーナス | 100 | ○ | 相手のデッキレベルが倍率。タッグデュエルの場合相手2人の平均（端数切り捨て） |
| 011 | エクゾディア勝利 | 100 | × | 《封印されしエクゾディア》のカード効果で勝利した |
| 012 | ウィジャ盤勝利 | 200 | × | 《ウィジャ盤》のカード効果で勝利した ※068と自動的に同時取得 |
| 013 | デッキ切れ勝利 | 50 | × | 相手のデッキ切れで勝利した |
| 014 | カウントダウン勝利 | 100 | × | 《終焉のカウントダウン》の効果で勝利した |
| 015 | ラストバトル勝利 | 100 | × | 《ラストバトル！》のカード効果で勝利した |
| 016 | ヴェノミナーガ勝利 | 100 | × | 《毒蛇神ヴェノミナーガ 》のカード効果で勝利した |
| 017 | エクゾディオス勝利 | 100 | × | 《究極封印神エクゾディオス 》のカード効果で勝利した |
| 018 | 早期決着ボーナス | 20 | × | 5ターン以内に勝利した |
| 019 | 逆転勝利ボーナス | 20 | × | 勝利ターン開始時に相手よりもLPが低かった |
| 020 | 相手ターン勝利ボーナス | 50 | × | 相手ターン中に勝利した |
| 021 | パートナー勝利ボーナス | 100 | × | タッグデュエルにおいてパートナーがトドメを刺した |
| 022 | LPギリギリボーナス | 50 | × | LP1000以下で勝利 |
| 023 | LP超ギリギリボーナス | 200 | × | LP100以下で勝利 ※022と自動的に同時取得 |
| 024 | ノーダメージボーナス | 50 | × | （コストを含めて）LPが一度も減らなかった |
| 025 | LP20000オーバーボーナス | 50 | × | LPが20000を超えた |
| 026 | コナミ・ボーナス | 573 | × | 勝利時にLPが5730 ※下記注意 |
| 027 | デッキギリギリボーナス | 50 | × | 勝利時のデッキ枚数が5枚以下だった |
| 028 | デッキ超ギリギリボーナス | 200 | × | 勝利時のデッキ枚数が0枚だった |
| 029 | 魔法カード使用ボーナス | 2 | ○ | 魔法カードを使用した |
| 030 | 罠カード使用ボーナス | 2 | ○ | 罠カードを使用した |
| 031 | 魔法カード未使用ボーナス | 150 | × | 魔法カードを使用しなかった |
| 032 | 罠カード未使用ボーナス | 150 | × | 罠カードを使用しなかった |
| 033 | 融合召喚ボーナス | 10 | ○ | 融合召喚をした |
| 034 | 儀式召喚ボーナス | 50 | ○ | 儀式召喚をした |
| 035 | アドバンス召喚ボーナス | 10 | ○ | アドバンス召喚をした |
| 036 | シンクロ召喚ボーナス | 1 | ○ | シンクロ召喚をした |
| 037 | エクシーズ召喚ボーナス | 1 | ○ | エクシーズ召喚をした |
| 038 | ペンデュラム召喚ボーナス | 1 | ○ | ペンデュラム召喚をした |
| 039 | 特殊召喚未使用ボーナス | 200 | × | 特殊召喚を使わなかった 相手のカード効果で特殊召喚させられた場合も不可 |
| 040 | チェーンボーナス | 2 | ○ | 3チェーン以上した チェーン数が倍率 |
| 041 | 最大攻撃力ボーナス | 1 | ○ | 攻撃力50につき1DP。最大攻撃力は65535。（表示はそれ以上反映されるが…） |
| 042 | 最大ダメージボーナス | 1 | ○ | 一度に与えたダメージ量が3000以上。ダメージ量250につき1DP 最大ダメージは65535まで。それ以上はボーナスに反映されない |
| 043 | LP差ボーナス | 1 | ○ | （ターン開始時に？）相手の方がポイント以上LPが多い時があった、LP250につき1DP |
| 044 | 最大反射ダメージボーナス | 1 | ○ | 一度の反射で与えたダメージ量が???以上。ダメージ量50につき1DP |
| 045 | LPジャストボーナス | 200 | × | 相手LPがちょうど0になるようにダメージを与えた |
| 046 | 戦闘ダメージ限定ボーナス | 30 | × | 戦闘によるダメージしか与えなかった |
| 047 | 効果ダメージ限定ボーナス | 60 | × | カードの効果によるダメージしか与えなかった |
| 048 | ファーストダメージボーナス | 10 | ○ | 最初にダメージを与えたターン数 |
| 049 | 戦闘破壊ボーナス | 8 | ○ | 相手のコントロールするモンスターを戦闘によって破壊した |
| 050 | 返り討ちボーナス | 8 | ○ | 相手のコントロールするモンスターを戦闘で返り討ち破壊した |
| 051 | 相討ちボーナス | 10 | ○ | 相手のコントロールするモンスターと戦闘で相打ちした |
| 052 | 効果破壊ボーナス | 8 | ○ | 相手のコントロールするモンスターを効果によって破壊した |
| 053 | 除外ボーナス | 8 | ○ | 相手のカードを除外した |
| 054 | 手札破壊ボーナス | 8 | ○ | 相手の手札を捨てさせた |
| 055 | デッキ破壊ボーナス | 8 | ○ | 相手のデッキのカードを減らした |
| 056 | 手札戻しボーナス | 8 | ○ | カードを相手の手札に戻した |
| 057 | ラッキーボーナス | 111 | ○ | コイントスを1回以上成功させた |
| 058 | 魔力カウンターボーナス | 6 | ○ | 魔力カウンターを乗せた |
| 059 | ユニオンボーナス | 6 | ○ | ユニオンモンスターを装備した |
| 060 | LVモンスターボーナス | 6 | ○ | LVモンスターのLVアップによる特殊召喚を成功させた |
| 061 | ポジション移動ボーナス | 6 | ○ | モンスターゾーンを移動する効果を使用した |
| 062 | デュアルボーナス | 6 | ○ | デュアルモンスターのデュアル召喚を成功させた |
| 063 | エーリアンボーナス | 8 | ○ | Aカウンターを計上した（除去使用は不要） |
| 064 | 宝玉獣ボーナス | 6 | ○ | 宝玉獣を魔法・罠ゾーンに置いた |
| 065 | 同名カードボーナス | 50 | × | 自分フィールド上に同じ名前のモンスターを3体召喚した （トークンは除く） |
| 066 | モンスターカードゾーン全使用ボーナス | 100 | × | 自分フィールド上にモンスターが5体同時に存在した |
| 067 | モンスターゾーン全封鎖ボーナス | 200 | × | 相手フィールド上のモンスターゾーンをすべて封鎖した |
| 068 | 魔法＆罠ゾーン全使用ボーナス | 100 | × | 自分フィールド上の魔法・罠ゾーンに5枚カードを置いた |
| 069 | 墓地発動ボーナス | 6 | ○ | 墓地で発動する効果を使用した （クリッターのようなリクルータも含む） |
| 070 | 初項目ボーナス | 50 | ○ | 初めて達成したボーナスがあった |
