ワリオワールド

ウディー はじまりのもりのボス。手に鼠色のボクシンググローブをつけた緑色のゴリラのような姿をしている。正面に近づくと両手を振り下ろしてくるほか、ワリオの直接攻撃を加えると体が赤く光った直後、腕を振り回しながら突進してくる。最初のボスだけあって、体力は少なめ。 アンツキラー はじまりのいせきのボス。巨大なアリジゴク。近づくと両手を振り下ろしながら追いかけてきたり、離れている時はいがいがスパイクを吐き出す。他のボスとは異なり、ワリオの直接攻撃を加えるとボスの体力が1つ減るだけで気絶せず、体が赤く光った後でワリオに襲いかかるなどで攻撃してくる。ピーカンさばくにもザコ敵として登場する。 ディーナソア ワクワクワールドのボス。ワリオの身長が足の甲に届かないほど巨大なカメレオンや恐竜を連想させる怪物で、指輪をつけている。衝撃波や踏み潰し、舌やヒップアタックで攻撃してくる。体力が少なくなると衝撃波の数が3連発になる。衝撃波をジャンプで避けないとダメージを受ける。なお、足に柱をぶつけるとボス自体が痛がって溶岩まで後退していき、溶岩に沈む事でダメージと同時に大量のコインを出す。髪型や服装からして、おそらくメスである。 ベイビーエンジェル ホラホラハウスのボス。天使の人形。羽で叩いたり、ダメージを与えると三連弾を発射する。体力が少なくなると口から赤い火花が出る体当たりを仕掛けてくる。 玉乗りロージー ぎっくりサーカスのボス。ワリオと同じく緑色の靴を履いている。その名の通り玉乗りのピエロ。爆発する玉を投げたり、頭をはずして投げる。投げた頭は跳ねてワリオに襲いかかってくる。爆発する玉についているくっつきボールの数は、ボスの体力と連動しており、体力が1つ無くなると玉についているくっつきボールの数も1つ減る。また、頭は直接攻撃では吹っ飛ばすだけで破壊できず、落としても浮遊して戻ってくるためボス自体を持ち上げて投げ技で攻撃しないと破壊できないが、ボスの体力が減ると一度破壊しても分裂し、また玉の爆発に巻き込まれると数を増やす。 ドキドラゴン ドキドキワールドのボス。二つの頭と二つの尻尾を持つ竜で、口から炎を吐いてくるほか、くっつきボールも吐いてくる。吐いたくっつきボールは吸い込むので、ワリオに捕まったままだと吸い込まれて、飲み込んだ直後に吐き出して大ダメージを受けて気絶してしまう。尻尾は鉄球状で、近づくとこれを叩きつけてくる。巨体もあり、ワリオの攻撃では気絶させる事しかできない。その為相手の炎を利用する必要がある。 カンタロウ ブルブルやまのボス。頭が大きいが胴体は小さく、一見すると頭だけ浮いているように見える。バラストを投げたり、口からビームや氷の息製の竜巻を吹き出す。こちらを目を赤く光るにらみで金縛りにする魔眼を持っており、それをワリオが見てしまうと風船マリオにそっくりな風船ワリオに変身してしまうことがある。にらみ攻撃の直後になると4つの小さな火口のどちらかの1つに座って回転した後、衝撃波が発生して仕掛けてくる。 タランチュラス マメのきこうげんのボス。朱色とこげ茶色を基調とするドタ靴を履いた巨大なクモ。衝撃波で仕掛けたり、口から弾撃ちやくっつきボールを吐き出す。また、尻からはとりもち系のビームを発射し、これに触れると吸い込まれて身動きが取れなくなり、近づくと体当たりを仕掛けてくる。大きな体のためか、動きはそれほどすばやくないが、クモの巣にはまるとこちらの移動スピードが大きく下がってしまう。 レッドパンツジョニー ハラハラワールドのボス。その名のとおり赤いパンツ一枚の姿である筋骨隆々しい牛人間（ワリオですら取扱説明書で「名前のまんまじゃないか!」と突っ込みを入れた）。他のボスとは異なり、気絶することがなく、肉体どおりワリオを上回るパワフルさと強靭さの持ち主で、豪快かつ熾烈な攻撃が多い上、ワリオの直接攻撃を一切受け付けない。 オジケルーマン まじかるミラーのボス。マジシャンの格好をしたゾンビ。臆病な性格で、ワリオの直接攻撃を与えていくと体が黄色く光って回転体当たりをしてくる。もう一度ワリオの直接攻撃を加えるとコップの中に隠れる。隠れたコップをパンチすると中から気絶したまま姿を現すが、隠れてないコップをパンチすると中からザコ敵（ワンスル、マシュー伯爵、サスケ）が出てくる。ダメージを受けるとコップのスピードが増し、コップから出てくるザコ敵の種類が変わる。 ミノロス ピーカンさばくのボス。闘牛の顔をしたチェスの駒のような鉄の像。地震で仕掛けたり、炎を吐いてくる。他のボスとは異なり、ワリオの直接攻撃を受け付けず、気絶することがなく、手足も生えてないので、移動する際には必ず大きく飛びついて移動している（飛びついて着地した際には地震が発生する）。手の形のチェス型の像を呼び出しているので、気絶した手の形のチェス型の像を持ち上げてぶつけないとダメージを与えられない。 キャプテンスカール ギラギラワールドのボス。骸骨顔の海賊の船長。右手は様々な弾撃ちや爆弾などをばら撒く大砲に、左手は鎖を遠くに打ち出すことで鉤縄となる義手になっている。体力が少なくなるとワリオの直接攻撃を受け付けなくなる為、タル等の物をぶつけて攻撃する必要がある。 黒い宝石 本作のラストボス。文明一つを簡単に滅ぼしてしまう力を持つという呪われた宝石。真の姿は、目玉と触手の生えた黒紫のダイヤモンドの姿をした怪物。 前半戦はネッコロたちの封印を解いてバリアをかき消すこととなり、後半戦はゴングが鳴り、ワリオとの直接対決となる。炎や地震、ダッシュなどで攻撃してくる。 海外版では倒し方が前半戦のみとなっている。 最後のボスだけあって、体力は多め。