| File | 事件タイトル | No. | 巻数 | 発売日 | 裏表紙 | TVタイトル |
| 001 | 平成のホームズ | 001 | 01 | 1994/6/18 | 工藤新一 | 001 ジェットコースター殺人事件 |
| 002 | 小さくなった名探偵 | 002 | 002 社長令嬢誘拐事件 | |||
| 003 | 仲間はずれの名探偵 | |||||
| 004 | ６本目の煙突 | |||||
| 005 | もう一人の犯人 | |||||
| 006 | 迷探偵を名探偵に | 003 | 003 アイドル密室殺人事件 | |||
| 007 | 血ぬられたアイドル | |||||
| 008 | あなたに似た人 | |||||
| 009 | 不幸な誤解 | |||||
| 010 | 割のいい尾行 | 004 | 02 | 1994/7/18 | 毛利蘭 | 038 赤鬼村火祭殺人事件 |
| 011 | 完璧なアリバイ | |||||
| 012 | 写真は語る | |||||
| 013 | 行方不明の男 | 005 | 013 奇妙な人捜し殺人事件(ラスト×) 128 黒の組織10億円強奪事件 | |||
| 014 | かわいそうな少女 | |||||
| 015 | 大男を追え！ | |||||
| 016 | 悪魔のような女 | |||||
| 017 | 恐怖の館 | 006 | 020 幽霊屋敷殺人事件 | |||
| 018 | 消える子供達 | |||||
| 019 | 地下室の悪夢 | |||||
| 020 | 籏本家の一族 | 007 | 03 | 1994/10/18 | 毛利小五郎 | 022~023 豪華客船連続殺人事件 |
| 021 | 密室の秘密 | |||||
| 022 | 遺産の行方 | |||||
| 023 | 一族抹殺 | |||||
| 024 | 暗闇の仕掛人 | |||||
| 025 | かなわぬ夢 | |||||
| 026 | 奇妙な贈り物 | 008 | 07 月いちプレゼント脅迫事件 | |||
| 027 | 同一人物 | |||||
| 028 | ８月３日の謎 | |||||
| 029 | 眼前セーフ | |||||
| 030 | 甲冑の騎士 | 009 | 04 | 1995/2/18 | 目暮十三 | 008 美術館オーナー殺人事件 |
| 031 | ダイイング・メッセージ | |||||
| 032 | 書けないペン | |||||
| 033 | はちあわせた二人組 | 010 | 005 新幹線大爆破事件 | |||
| 034 | グリーン車の四人 | |||||
| 035 | ラスト10秒の恐怖 | |||||
| 036 | 暗号表入手!! | 011 | 004 大都会暗号マップ事件 | |||
| 037 | 暗号解読のABC | |||||
| 038 | 答えともうひとつの答 | |||||
| 039 | 光る魚の正体 | |||||
| 040 | 怪人…包帯の男 | 012 | 05 | 1995/4/18 | 阿笠博士 | 034~035 山荘包帯男殺人事件 |
| 041 | 第一の犠牲者！ | |||||
| 042 | 蘭ピンチ！ | |||||
| 043 | 暗闇の襲撃！ | |||||
| 044 | 殺人鬼の正体！ | |||||
| 045 | カラオケ殺人！ | 013 | 042 カラオケボックス殺人事件 | |||
| 046 | 自殺か他殺か？ | |||||
| 047 | 歌に秘められた謎 | |||||
| 048 | すれちがい… | |||||
| 049 | 見知らぬ来訪者。 | 014 | 043 江戸川コナン誘拐事件 | |||
| 050 | 脱出そして追跡。 | |||||
| 051 | 仮面の下の真実 | 06 | 1995/7/18 | 吉田歩美 | ||
| 052 | 三人の訪問客？ | 015 | 016 骨董品コレクター殺人事件 | |||
| 053 | 三人のアリバイ | |||||
| 054 | 留守番電話の謎 | |||||
| 055 | タンスの言葉 | |||||
| 056 | 結成！少年探偵団 | 016 | 015 消えた死体殺人事件 | |||
| 057 | ナゾの兄弟 | |||||
| 058 | 動く死体の謎 | |||||
| 059 | 祭りの夜 | 017 | 009 天下一夜祭殺人事件 | |||
| 060 | アリバイは完璧!? | |||||
| 061 | 写真のワナ | 07 | 1995/11/18 | 横溝参悟 | ||
| 062 | 月影島への招待状 | 018 | 011 ピアノソナタ「月光」殺人事件 | |||
| 063 | ピアノの呪い | |||||
| 064 | 残された楽譜 | |||||
| 065 | 業火の秘密 | |||||
| 066 | 血染めのボタン | |||||
| 067 | 名前の秘密!! | |||||
| 068 | 新一の恋人!! | 019 | 010 プロサッカー選手脅迫事件 | |||
| 068 | 名探偵 蘭!? | |||||
| 070 | 命の時間切れ!? | |||||
| 071 | ついに見つけた!! | 08 | 1995/12/09 | 鈴木園子 | ||
| 072 | 闇の男爵 | 020 | 068~070 闇の男爵殺人事件 | |||
| 073 | 恐怖のウイルス | |||||
| 074 | 仮面の下 | |||||
| 075 | 蘭の涙 | |||||
| 076 | 風のいたずら!? | |||||
| 077 | 落下地点の秘密 | |||||
| 078 | 花嫁の悲劇 | 021 | 018 ６月の花嫁殺人事件 | |||
| 079 | 禁断のレモンティー!? | |||||
| 080 | 殺しの理由 | |||||
| 081 | 危ないかくれんぼ | 022 | 09 | 1996/1/18 | 小嶋元太 | 012 歩美ちゃん誘拐事件 |
| 082 | 声を追え!! | |||||
| 083 | えっ！本当!? | |||||
| 084 | 小五郎の同窓会 | 023 | 027~028 小五郎の同窓会殺人事件 | |||
| 085 | 意外なヒント | |||||
| 086 | 弁慶の仁王立ち | |||||
| 087 | 花婿選び | 024 | 039~040 資産家令嬢殺人事件 | |||
| 088 | 忍び寄る影 | |||||
| 089 | 死体がもうひとつ… | |||||
| 090 | 無差別殺人!? | |||||
| 091 | 水の時間差トリック | 10 | 1996/4/18 | 服部平次 | ||
| 092 | 西の名探偵 | 025 | 048~049 外交官殺人事件 050 図書館殺人事件 | |||
| 093 | 二人の推理 | |||||
| 094 | 東の名探偵…!? | |||||
| 095 | 東の名探偵現る!? | |||||
| 096 | 熱いからだ | |||||
| 097 | 忍び寄る殺人鬼 | 026 | ||||
| 098 | もう一人の乗客 | |||||
| 099 | 吹雪が呼んだ惨劇 | 027 | 046 雪山山荘殺人事件 | |||
| 100 | 最後の言葉 | |||||
| 101 | 話すテーブルクロス | 11 | 1996/7/18 | 妃英理 | ||
| 102 | 生放送中の死 | 028 | 031 テレビ局殺人事件 | |||
| 103 | 幻の道 | |||||
| 104 | 緊急推理ショー | |||||
| 105 | 大事な人!? | 029 | 032 コーヒーショップ殺人事件 | |||
| 106 | 凶器のありか | |||||
| 107 | 二つの謎 | |||||
| 108 | 修行の間 | 030 | 052 霧天狗伝説殺人事件 | |||
| 109 | 桜と壁の穴 | |||||
| 110 | 宙に浮く力 | |||||
| 111 | 博士の宝箱 | 031 | 12 | 1996/9/18 | 円谷光彦 | 163~164 月と星と太陽の秘密 |
| 112 | 黒い太陽 | |||||
| 113 | 宝の正体 | |||||
| 114 | 突然の遭遇 | 032 | 054 ゲーム会社殺人事件 | |||
| 115 | 爆弾の行方 | |||||
| 116 | コナンの誤算 | |||||
| 117 | マイクロフトでの集い | 033 | 057~058 ホームズ・フリーク殺人事件 | |||
| 118 | 知りすぎていた女 | |||||
| 119 | ナゾの爆発 | |||||
| 120 | 見破られたウソ | |||||
| 121 | 本当の姿 | 13 | 1996/12/10 | 鈴木綾子 | ||
| 122 | 目撃者は…!? | 034 | 072 三つ子別荘殺人事件 | |||
| 123 | 三つ子の容疑者 | |||||
| 124 | 哀しき兄弟の絆 | |||||
| 125 | 落ちる死体 | 035 | 060 イラストレーター殺人事件 | |||
| 126 | 疑惑の自殺 | |||||
| 127 | 花と蝶 | |||||
| 128 | 逃亡者 | 036 | 063 大怪獣ゴメラ殺人事件 | |||
| 129 | 怪獣ゴメラの悲劇 | |||||
| 130 | 去りゆく後ろ姿 |
