| File | 事件タイトル | 巻数 | 発売日 | 裏表紙 | TVタイトル |
| 131 | 写真があった!! | 14 | 1997/3/18 | 工藤有希子 | 096 追いつめられた名探偵！ ～連続２大殺人事件～ |
| 132 | 電話の数字 | ||||
| 133 | 事件はこれから!? | ||||
| 134 | 落葉の中の尋問 | ||||
| 135 | 母さんの胸の中!? | ||||
| 136 | コナンの笑み… | ||||
| 137 | 有希子の笑み… | ||||
| 138 | もう一人の… | ||||
| 139 | 奇妙な集まり | 084~085 スキーロッジ殺人事件 | |||
| 140 | 最後の客 | ||||
| 141 | ない!? | 15 | 1997/6/18 | 服部平蔵 | |
| 142 | 消えた凶器 | ||||
| 143 | 涙で語る真実 | ||||
| 144 | 声が似てる!? | 081~082 人気アーティスト誘拐事件 | |||
| 145 | 狙うは… | ||||
| 146 | デュエット!? | ||||
| 147 | 指をペロッ!? | 075 金融会社社長殺人事件 | |||
| 148 | 魔法を使った!? | ||||
| 149 | 悪魔の呼び声 | ||||
| 150 | 血染めの包帯 | 077~078 名家連続変死事件 | |||
| 151 | 白き殺人者 | 16 | 1997/8/09 | 怪盗キッド | |
| 152 | 真実の電話 | ||||
| 153 | 炎の絆 | ||||
| 154 | 学校の不思議 | 112 帝丹小7不思議事件 | |||
| 155 | 誰かいる!? | ||||
| 156 | 邂逅 | 076 コナンvs怪盗キッド | |||
| 157 | 消滅 | ||||
| 158 | 気配 | ||||
| 159 | 終極 | ||||
| 160 | 陶芸家達の企み | 098~099 名陶芸家殺人事件 | |||
| 161 | 動かぬ証拠 | 17 | 1997/11/18 | 沖野ヨーコ | |
| 162 | 音で殺す!? | ||||
| 163 | 三つの謀 | 114~115 スキューバーダイビング殺人事件 | |||
| 164 | 逃げた凶器 | ||||
| 165 | 忘れちゃいない | ||||
| 166 | どうしよう!? | 091 強盗犯人入院事件 | |||
| 167 | 時計が… | 104~105 盗賊団謎の洋館事件 | |||
| 168 | 鬼が出た!? | ||||
| 169 | L・N・R | ||||
| 170 | 役者が揃った | 102~103 時代劇俳優殺人事件 | |||
| 171 | 同じはずなのに… | 18 | 1998/1/17 | 灰原哀 | |
| 172 | 二つの部屋 | ||||
| 173 | 初恋の人… | 100~101 初恋の人想い出事件 | |||
| 174 | 燃える真実 | ||||
| 175 | 心は開く!? | ||||
| 176 | 転校生は… | 129 黒の組織から来た女 ～大学教授殺人事件～ | |||
| 177 | 黒ずくめの女 | ||||
| 178 | コードネーム・シェリー | ||||
| 179 | 偽りの少女 | ||||
| 180 | チェックメイト | ||||
| 181 | どうして… | 19 | 1998/4/18 | 遠山和葉 | |
| 182 | 蒸発した文士 | 116~117 ミステリー作家失踪事件 | |||
| 183 | 1/2の頂点 | ||||
| 184 | フランスにて… | ||||
| 185 | 食いだおれの街 | 118 浪速の連続殺人事件 | |||
| 186 | 四人目の財布 | ||||
| 187 | 財布の中の… | ||||
| 188 | 免許証の秘密 | ||||
| 189 | 狙われたボール | 130~131 競技場無差別脅迫事件 | |||
| 190 | ５万６千人の人質 | ||||
| 191 | 遠くからの眼 | 20 | 1998/7/18 | 高木渉 | |
| 192 | 逃げろ！ | 132~134 奇術愛好家殺人事件 | |||
| 193 | 雪原の中で… | ||||
| 194 | 怪しい動き | ||||
| 195 | 探索 | ||||
| 196 | 発露 | ||||
| 197 | サヨナラ… | 121~122 バスルーム密室事件 | |||
| 198 | 証拠が見える | ||||
| 199 | 姉想い… | ||||
| 200 | 孤城への誘い | 136~137 青の古城探索事件 | |||
| 201 | そしてまた… | 21 | 1998/10/17 | 佐藤美和子 | |
| 202 | カウントダウン | ||||
| 203 | 象牙の塔 | ||||
| 204 | 最初の挨拶 | 162 空飛ぶ密室 工藤新一最初の事件 | |||
| 205 | 大空の密室 | ||||
| 206 | 最後の切り札 | ||||
| 207 | 胸に秘めて… | ||||
| 208 | 桜田門の変!? | 146~147 本庁の刑事恋物語 | |||
| 209 | 警部の推理 | ||||
| 210 | 意外な敵 | ||||
| 211 | 東京日和 | 141~142 結婚前夜の密室事件 | |||
| 212 | おそろいや | 22 | 1999/2/18 | 工藤優作 | |
| 213 | 証拠は… | ||||
| 214 | かかった獲物 | ||||
| 215 | 北斗星 | 144~145 上野発北斗星３号 | |||
| 216 | 馬脚を露わす!? | ||||
| 217 | to be continued… | ||||
| 218 | 終着駅 | ||||
| 219 | それゆけ園子 | 153~154 園子のアブない夏物語 | |||
| 220 | 眠り姫 | ||||
| 221 | 蹴撃の貴公子 | ||||
| 222 | チネ・チッタ | 23 | 1999/4/17 | 白鳥任三郎 | 138~139 最後の上映殺人事件 |
| 223 | 鏡の中の真実 | ||||
| 224 | 夢の場所 | ||||
| 225 | 影の計画師 | 174 二十年目の殺意 ～シンフォニー号連続殺人事件～ | |||
| 226 | 殺意は燃えて… | ||||
| 227 | 意外な標的 | ||||
| 228 | 波濤に消ゆ… | ||||
| 229 | これが真実 | ||||
| 230 | 証人生還 | ||||
| 231 | 捜査開始!! | 156~157 本庁の刑事恋物語２ | |||
| 232 | 現場検証 | 24 | 1999/7/18 | 新出智明 | |
| 233 | カウントダウン | ||||
| 234 | あと半年 | 170~171 暗闇の中の死角 | |||
| 235 | 闇の中… | ||||
| 236 | 信じられぬ接点 | ||||
| 237 | 最後の心 | ||||
| 238 | 裏切りの街角 | 176~178 黒の組織との再会 (★5) | |||
| 239 | 漆黒の葬列 | ||||
| 240 | 突然の別れ | ||||
| 241 | 過去からの銃弾 | ||||
| 242 | 白の世界 | ||||
| 243 | 仲間外れ!? | 25 | 1999/10/18 | 京極真 | 172~173 よみがえる死の伝言 |
| 244 | 死者は語らず | ||||
| 245 | 手探りの言葉 | ||||
| 246 | 蜘蛛屋敷 | 166~168 鳥取クモ屋敷の怪 (★1) | |||
| 247 | 恐怖を見た | ||||
| 248 | 平次の叫び | ||||
| 249 | 平次の怒り | ||||
| 250 | 言葉にできない | ||||
| 251 | 手負いの探偵団 | 188 命がけの復活 洞窟の探偵団 189 命がけの復活 負傷した名探偵 190 命がけの復活 第三の選択 191 命がけの復活 黒衣の騎士 192 命がけの復活 帰ってきた新一… 193 命がけの復活 約束の場所 | |||
| 252 | 心強き名探偵達 | ||||
| 253 | 一つの確信 | ||||
| 254 | 迷える心 | 26 | 2000/2/18 | クリス・ビンヤード (ベルモット) |
|
| 255 | 突然の侵入者 | ||||
| 256 | 覆われた真実 | ||||
| 257 | 命懸けの復活 | ||||
| 258 | 束の間の休息 | ||||
| 259 | 穏やかな時間 | ||||
| 260 | 思い出の場所 | ||||
| 261 | 琴線に触れた？ | 194~195 意味深なオルゴール | |||
| 262 | 消えた音 | ||||
| 263 | 春よ来い？ |
