| File | 事件タイトル | 巻数 | 発売日 | 裏表紙 | TVタイトル |
| 264 | 身から出た錆 | 27 | 2000/4/18 | 山村ミサオ | 199~200 容疑者・毛利小五郎 |
| 265 | 重要参考人 | ||||
| 266 | 思い切って… | ||||
| 267 | 18年前の男 | 205~206 本庁の刑事恋物語３ | |||
| 268 | 囚われた刑事 | ||||
| 269 | 時効成立 | ||||
| 270 | 試合開始 | 226~227 バトルゲームの罠 | |||
| 271 | TTX | ||||
| 272 | 試合終了 | ||||
| 273 | 呉越同舟 | 212~213 きのこと熊と探偵団 | |||
| 274 | 小さな標的 | 28 | 2000/7/18 | 池波静華 (服部静華) |
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| 275 | 殺意の真意 | ||||
| 276 | 偽りの人 | 220~221 偽りだらけの依頼人 | |||
| 277 | 一握りの証拠 | ||||
| 278 | 恐怖の女 | ||||
| 279 | 人魚の呪い？ | 222~224 そして人魚はいなくなった (★2) | |||
| 280 | 命様の予言 | ||||
| 281 | 悪魔の矢 | ||||
| 282 | 最後の一矢 | ||||
| 283 | 報われぬ心 | ||||
| 284 | 閉ざされた秘密 | 217~218 封印された目暮の秘密 | |||
| 285 | 小さな違和感 | 29 | 2000/9/18 | 目暮みどり | |
| 286 | 意外な理由 | ||||
| 287 | 見えない恐怖 | 230~231 謎めいた乗客 | |||
| 288 | 危険信号 | ||||
| 289 | 白日の下の潜伏 | ||||
| 290 | 愛犬家たち | 233~234 消えなかった証拠 | |||
| 291 | わずかな足跡 | ||||
| 292 | 消えなかった証拠 | ||||
| 293 | Ｋスリー | 238~239 大阪”３つのＫ”事件 | |||
| 294 | 最後の可能性 | ||||
| 295 | レッドカード | ||||
| 296 | 直球勝負 | 30 | 2000/12/18 | 白馬探 | 240~241 新幹線護送事件 |
| 297 | 開かれた密室 | ||||
| 298 | 時間差の罠 | ||||
| 299 | 糾合 | 219 集められた名探偵！ ～工藤新一vs怪盗キッド～ | |||
| 300 | 惨劇 | ||||
| 301 | 密殺 | ||||
| 302 | 誑欺 | ||||
| 303 | 元太の災難 | 242 元太少年の災難 | |||
| 304 | 元太の罠 | ||||
| 305 | そこには | 228~229 殺意の陶芸教室 | |||
| 306 | 手がかり包囲網 | ||||
| 307 | 隠れた言葉 | 31 | 2001/3/17 | 遠山刑事部長 | |
| 308 | 偽者登場 | 243~244 毛利小五郎のニセ者 | |||
| 309 | 偽者の真実 | ||||
| 310 | 偽りの時 | ||||
| 311 | 暖かき海 | 246~247 網にかかった謎 | |||
| 312 | 網にかかるには… | ||||
| 313 | 勇気ある決断 | ||||
| 314 | 浪花の剣士 | 263 大阪ダブルミステリー ～浪速剣士と太閤の城～ | |||
| 315 | 移ろいの剣士 | ||||
| 316 | 裁きの剣士 | ||||
| 317 | 天下人の城 | ||||
| 318 | 天下人の宝 | 32 | 2001/4/18 | 大滝警部 | |
| 319 | 時をこえて… | ||||
| 320 | 浪花勧進帳 | ||||
| 321 | 悲しみの虎の巻 | ||||
| 322 | 久しぶりの集結 | 249~250 アイドル達の秘密 | |||
| 323 | アイドル達の秘密 | ||||
| 324 | アイドル達の誤解 | ||||
| 325 | ライオンの落とし物 | 258~259 シカゴから来た男 | |||
| 326 | Ｐ＆Ａ | ||||
| 327 | バカな作戦 | ||||
| 328 | 佐藤のお見合い | 253~254 本庁の刑事恋物語４ | |||
| 329 | 佐藤の勝算 | 33 | 2001/7/18 | 千葉一伸 | |
| 330 | 佐藤の気持ち | ||||
| 331 | 血のバレンタイン① | 266~268 バレンタインの真実 | |||
| 332 | 血のバレンタイン② | ||||
| 333 | 血のバレンタイン③ | ||||
| 334 | 血のバレンタイン④ | ||||
| 335 | 妻の忘れ形見 | 269~270 犯罪の忘れ形見 | |||
| 336 | 清潔な香り | ||||
| 337 | 花の命… | ||||
| 338 | 「×」のその意味 | 271~272 隠して急いで省略 | |||
| 339 | ○×△口!? | ||||
| 340 | リンゴの狩り時 | 34 | 2001/9/18 | 横溝重悟 | |
| 341 | 反撃の糸口 | 277~278 西の名探偵vs英語教師 | |||
| 342 | 飛んだ隣人 | ||||
| 343 | あんた何者や | ||||
| 344 | 嵐のブーイング | 279~280 迷宮のフーリガン | |||
| 345 | 疑惑のサポーター | ||||
| 346 | エセサポーター | ||||
| 347 | 雨のデジャビュ | 284~285 中華街 雨のデジャビュ | |||
| 348 | おしぼりの罠 | ||||
| 349 | 晴れた記憶 | ||||
| 350 | ゴールデンアップル① | 286~288 工藤新一ＮＹの事件 (★4) | |||
| 351 | ゴールデンアップル② | 35 | 2001/12/18 | シャロン・ ヴィンヤード |
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| 352 | ゴールデンアップル③ | ||||
| 353 | ゴールデンアップル④ | ||||
| 354 | ゴールデンアップル⑤ | ||||
| 355 | 幽霊屋敷の謎① | 274~275 幽霊屋敷の真実 | |||
| 356 | 幽霊屋敷の謎② | ||||
| 357 | 幽霊屋敷の謎③ | ||||
| 358 | 消えた光彦① | 289~290 迷いの森の光彦 | |||
| 359 | 消えた光彦② | ||||
| 360 | 消えた光彦③ | ||||
| 361 | デス・アイランド | 291~293 孤島の姫と竜宮城 | |||
| 362 | 危険な来訪者 | 36 | 2002/2/18 | 田陣平 | |
| 363 | ミステリー・ワード | ||||
| 364 | グソーの使い | ||||
| 365 | 姫と龍宮城 | ||||
| 366 | 悪意の中の行進 | 301~302 悪意と聖者の行進 | |||
| 367 | ビデオの中の証拠 | ||||
| 368 | 爆弾犯の狙い | ||||
| 369 | 帰らざる刑事 | 304 揺れる警視庁 ～1200万人の人質～ | |||
| 370 | 消せない記憶 | ||||
| 371 | 赤い罠 | ||||
| 372 | この世で一番… | ||||
| 373 | バイバイ | 37 | 2002/4/18 | 赤井秀一 | |
| 374 | 小五郎の選択① | 305~306 見えない容疑者 | |||
| 375 | 小五郎の選択② | ||||
| 376 | 小五郎の選択③ | ||||
| 377 | 暗黒の足跡① | 307~308 残された声なき証言 | |||
| 378 | 暗黒の足跡② | ||||
| 379 | 暗黒の足跡③ | ||||
| 380 | 白い雪…黒い影… | 309~311 黒の組織との接触 (★3) | |||
| 381 | 危険なめぐり逢い | ||||
| 382 | 同乗者 | ||||
| 383 | 新兵器！ | 38 | 2002/7/18 | ウォッカ | |
| 384 | 意外なお宝 | 312~313 夕陽に染まった雛人形 | |||
| 385 | 歩美の心配 | ||||
| 386 | 夕陽と階段 | ||||
| 387 | 汚れたヒーロー | 316~317 汚れた覆面ヒーロー | |||
| 388 | 狼たちの影 | ||||
| 389 | 狼になれなかった男 | ||||
| 390 | 服部平次絶体絶命！① | 323~324 服部平次絶体絶命！ | |||
| 391 | 服部平次絶体絶命！② | ||||
| 392 | 服部平次絶体絶命！③ |
