Ｔ細胞は骨髄の造血幹細胞に由来し、胸腺での分化の過程で自己と非自己を識別し抗原特異的に活性化する獲得免疫系に固有の能力を獲得する。胸腺は大きく皮質と髄質から構成され、皮質には多くの未熟な胸腺細胞（Ｔ細胞系列の胸腺内細胞）が、髄質にはより成熟した胸腺細胞が存在する。これらの胸腺細胞は胸腺内を次々に移動しながら、それぞれの微小環境に特有の上皮細胞や樹状細胞と相互作用する。その過程で、多様な抗原受容遺伝子を発現する細胞集団がひとまず作り出された後、生体にとって有用で、かつ自己に寛容な細胞だけが選択され生存することを許可されるという多段階のチェックポイントを通過する。
