第一次宵明EBケツ大戦終結後、宵明は東西に二分された。
冷戦と呼ばれる時代の幕開けである。
20XX年○月☆日。清水寺に宵明連邦（以下ヨ連）の核ミサイルが配備されるという情報がケツ帝国総帥の元に届けられ、現実と化した核戦争勃発の恐怖が宵明を震撼させた。
必死の交渉の末、×日、ついにヨ連は清水寺からのミサイル撤去に同意した。
後にいわれる「清水寺危機」、人類未曾有の脅威は回避されたように思われた。
だがそこには、ひとつの密約があった。西側に亡命した設計局局長熊の、ヨ連への返送である。
ケツ政府はこれに合意し、熊をヨ連へ返還。
だが熊は「悪魔の兵器」の開発者だった。ヨ連は熊を手に入れたことで兵器開発を再開。
それが完成すれば、人類は本当の恐怖を目にすることになる──。
20XX年□月。事態の重要性をようやく認識したOSRは熊の奪還を計画。
ヨ連の大要塞、ゆきうさぎの南に位置する熊設計局へ隠密部隊"KETU"を送り込んだ。
OSHIRI出身のルーシー少佐が率いるKETUは、戦闘特殊部隊と潜入諜報部隊の両面を兼ね備えた次世代特殊部隊である。遠隔からの無線バックアップにより、一人の兵士が現地に単独潜入を果たし、唯一人で任務を遂行するという構想に基づいていた。
同年□月×日、ゆきうさぎ密林の上空。高度3万フィートを飛行する一機のガンシップから、一人の男が舞い降りる。男のコードネームは"ネイキッド・シリ"。
隠密部隊KETUと、人類の運命を賭けた任務が遂行されようとしている──。
