gromacs tips

% sudo apt-get update
% sudo apt-get upgrade
% sudo apt-get install build-essential dpkg-dev libfftw3-dev openmpi* libopenmpi-dbg libopenmpi-dev libxml2-dev

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gromacs(Openmpi)インストール

% wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.5.3.tar.gz
% tar xvfz gromacs-4.5.3.tar.gz
% cd gromacs-4.5.3
% ./configure --enable-mpi --program-suffix="_openmpi" --with-fft=fftw3 --enable-double --enable-shared MPICC=/usr/bin/mpicc.openmpi CC=/opt/intel/Compiler/11.1/073/bin/intel64/icc
% make
% sudo make install

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gromacs実行

% grompp_openmpi
% mpirun.openmpi -np 4 mdrun_openmpi

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gromacs-gpuインストール

cuda環境構築

NVIDIAのHPからドライバ、cudatoolkit(3.x), SDKをDownload

ドライバのinstall

Ctrl+Alt+F2でコンソール画面に入る。

% sudo /etc/init.d/gdm stop
% sudo sh NVIDIA-Linux-x86_64-260.19.44.run

再起動

cudatoolkit3.2のinstall(gromacsのHPによると3.xしか対応してないっぽい)

% sudo sh cudatoolkit_3.2.16_linux_64_ubuntu10.04.run
% export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/lib
% export PATH=$PATH:/usr/local/cuda/bin

SDKのinstall

% sh gpucomputingsdk_3.2.16_linux.run

cuda環境構築テスト

% cd ~/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/
% make

makeが通れば~/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/bin/linux/release以下に様々なサンプルbinaryが出来ている。

自分の場合はmakeの際に下記のエラーが出た。

% /usr/bin/ld: cannot find -lXi
% /usr/bin/ld: cannot find -lXmu

シンボリックリンクを作成して対応。

% sudo ln -s /usr/lib/libXi.so.6.1.0 /usr/lib/libXi.so
% sudo ln -s /usr/lib/libXmu.so.6.2.0 /usr/lib/libXmu.so

OpenMM(ver2.0)

[OpenMM version2.0>https://simtk.org/project/xml/downloads.xml?group_id=161]
からGromacsOpenMM2.0-Linux64.zipをdownload

% unzip GromacsOpenMM2.0-Linux64.zip

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旧情報
1. MPICHのインストール

% sudo apt-get source mpich
% sudo chown -R name.name mpich-1.2.7
% cd mpich-1.2.7
% ./configure --with-device=ch_p4 --prefix=/usr/local/mpich-1.2.7/ch_p4 --with-common-prefix=/usr/local/mpich-1.2.7
% make
% sudo make install

2. ssh server install

% sudo apt-get install openssh-server

3. PATH追加

% export PATH=$PATH:/usr/local/mpich-1.2.7/ch_p4/bin

4. mpich動作テスト

% mkdir examples ; cd examples
% cp /usr/local/mpich-1.2.7/ch_p4/examples/* .
% make
% mpirun -np 1 cpi
% mpirun -np 2 cpi
% mpirun -np 8 cpi

suseだとfftw3のinstall時にfloatとdoubleの2種類のconfigure→installしないと、gromacsのconfigureが通らない。

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gromacs(MPI)インストール

% wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.0.2.tar.gz
% tar xvfz gromacs-4.0.2.tar.gz
% cd gromacs-4.0.2
% export CPPFLAGS=-I/usr/include
% export LDFLAGS=-L/usr/lib
% ./configure --enable-mpi --disable-nice --program-suffix="4" --with-fft=fftw2 --enable-double
% ./configure --enable-mpi --disable-nice --program-suffix="_mpi" --with-fft=fftw2 --enable-double --enable-shared
% make
% make install exec_prefix=/users/name prefix=/usr/gromacs

or

% sudo apt-get install gromacs-mpich

gromacs実行

% grompp_d
% mpirun -np 8 mdrun_mpi.mpich