文字通り、学園都市に所属する十三の女子校（一部共学校あり）による生徒会の連合体である。 各学園（校区と呼ぶ）ごとの自治に関しては、基本的にそれぞれの生徒会長に委ねられているが、学園都市全体の運営や、校区間での諸問題解決については、それぞれの校区から選出された数百名の役員達によって取り仕切られている。 彼女らをさして「連合生徒会」と呼び、その一員に加わることは、学生として最高のステータスとされる。 学園統合のシンボル的存在である世襲制の「蒼天理事会」とは異なり、連合生徒会は実際の業務として学園全体の行政や治安維持を司る事実上の「政府」にあたり、古式で云う皇室と幕府の関係に似る。 「連合生徒会」は、「蒼天学園」の中枢でもある司州校区に本部を置き、学園全体の機能を掌握している。 また、各校区へも役員を派遣し（というか、各校区の生徒会長は基本的に中央からの任命である）、各校区の現地生徒会を指揮している。 「連合生徒会」も、厳密に言えば「蒼天学園」同様、そういう超学校的組織が法的に存在するわけではなく、あくまでも学生達が学園統合の過程でつくりだしたヴァーチャル生徒会なのだが、学園都市公認の憲章に基づいて組織運営が為され、連合生徒会による指示命令は各校区の学則に準じる効力を持つ。 そればかりか「連合生徒会」は独自の予算を持ち、役員達には階級に応じた給与が支払われているのである。
大将軍・丞相に相当 連合生徒会の生徒会長。文字通り、学園都市全校の生徒会長である。 この役職は常設ではなく、慣習として、副理事長や前副理事長の姉妹、いわゆる「外戚」が任命される。 実権の有無は時の政情により極端に左右され、完全な独裁者となるか、周囲の御輿になるかというケースが多い。
連合生徒会は、通常三名の役員長によって統括される。
司徒に相当 全校区の学級委員長で構成される全校評議会を主催する。 学園都市における国会に相当する決議機関。予算案などもここで作成される。
太尉に相当 風紀・清掃・図書等の常設九局(九卿相当)および、各部活動代表から成る部長会を統括する。 決議を執行する執行機関。
司空に相当 予算案・建設関係の承認及び決済を行う。学生の日常生活に係わる取り決めやインフラ関連の管理運営を指揮する。 選挙管理委員会・学祭委員会等の特別委員会もここに属する。
国政でいう大臣クラスに該当する。各委員の責任者として議論を取りまとめる。 基本的に蒼天理事会の会務に関わるものが多く、職務自体はほぼ形骸化している（実際の政務全般は、次官級以下の役員と、書記台の書記たちが取り仕切っている）。実際は名誉称号として、時の実力者が側近たちに歴任させるケースが多い。
太常卿に相当 九局長の筆頭で、蒼天理事会の式典や行事を取り仕切る。学祭実行委員会や体育祭実行委員会とは別系統。
光禄勲卿に相当 主に連合生徒会施設の門衛を指揮する。
衛尉卿に相当 理事会本部やクラウドタワー等、蒼天理事会の中枢施設内部を警護する。
太僕卿に相当 蒼天理事会の外遊や巡察を指揮する。
廷尉卿に相当 学園都市内の風紀・治安を取り締まる責を負う。学園裁判の際は裁判長を務める。
大鴻臚に卿相当 隣接高校との折衝、来賓の接待などを司る。
宗正卿に相当 蒼天理事会の各理事（百合さま）を監督する。
大司農卿に相当 学園都市の流通全般を司る。
少府卿に相当 主として蒼天理事会の庶務経理を司る。下位組織の書記台は学園全体の政務全般を取り仕切る。
本来、総務局に属する事務担当の集団だが、各部門の文書起草から会計管理までも司るため、実務上のトップ集団とも言える。
録尚書事・尚書令に相当 連合生徒会の事務に関する全てを掌監しており、三議長九局長より位階は下だが、職権は極めて大きい。 書記長は、司隷校区生徒会長や連合生徒会監査長とならび、三長官という独特のポストに指定されている。
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