windowsならばショートカットの起動オプションに --user-data-dir=[フォルダ名] を指定すればショートカット単位で起動できる.
macの場合はターミナルから起動する方法が現時点ではベスト. alias chrome open -a "/Applications/Google\ Chrome.app/Contents/MacOS/Google\ Chrome" --args --user-data-dir=[ディレクトリ名] を.cshrcに追加. もちろん" "内はインストールしたchromeの場所. プロファイルごとにディレクトリを作り, alias chrome1などと別名のエイリアスを作り, 起動するとよい.