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BIopython primer作成

from Bio.Seq import Seq

from Bio.SeqUtils.MeltingTemp import Tm_staluc

from Bio.Alphabet import generic_nucleotide

from Bio.SeqUtils import GC

#INPUT


mer = 'GCCGGGTACCATGGTCTTGCTTACAACATT'

 

#OUTPUT


num = 20
while num <= 30:
  i = mer[0:num]
  s = Seq(i, generic_nucleotide)
  print ("%s mer" % num),
  print i
  print("TM: %0.2f℃" % Tm_staluc(s))
  print("GC: %0.2f" % GC(s))
  num = num + 1

最終更新:2015年06月09日 13:04