ストーリー(スーパーメトロイド) - metroid @Wiki

ストーリー

サムスの攻撃から生き延びた宇宙海賊の一部によって、惑星ゼ－ベスは再建されつつあった。そんな折、リドリ－が宇宙科学アカデミーを襲い、宇宙で最後の一匹であるベビーメトロイドを奪い去った。再建された惑星ゼ－ベスに集結し、再びメトロイドを生物兵器として悪用する計画を立てる宇宙海賊たち。
ベビーメトロイド奪還のため、そして宇宙海賊の野望を砕くため再び惑星ゼ－ベスへ向かったサムスは、ベビーの命の犠牲のもと、マザーブレインを破壊。宇宙海賊がニ度と復活することのないよう惑星ゼ－ベス自体を爆発した。