ストーリー(メトロイドプライム) - metroid @Wiki

ストーリー
コスモ暦20X5年、
謎の生命体「メトロイド」を巡ってのスペースパイレーツの陰謀は、
腕利きのバウンティ・ハンター（賞金稼ぎ）、サムス・アランの活躍により阻止された。
この戦いで全滅したと思われたスペースパイレーツだったが、
惑星ゼーベス軌道上の宇宙船内でわずかに生き残った者達がいた。
彼らは２つの部隊に分かれ、
一方はゼーベスへ、一方は新たな惑星で再興すべく、
凄まじいエネルギー反応の発する惑星ターロンⅣへと降り立つ。
そこで彼らはそのエネルギーが、鳥人族文明が残した遺跡の地下から
発せられている事を突き止める。
スペースパイレーツは、生物を変異させるこのエネルギーを「フェイゾン」と名づけ、
ターロンⅣの生物達を変異させる実験を開始した。

一方サムスが乗ったスターシップは、
ターロンⅣ軌道上にあるスペースパイレーツの宇宙船を捕捉していた・・・・。