medcon

MedConの使い方

インストール

MedCon website
このサイトで、左のコラムにあるDownloadを選択し、win32 versionをDLすればよい。
2009/12/30現在、xmedcon-0.10.5-1-win32.zipというファイルが取得される。
解凍して、setup.exeを実行する。
インストール後に表示されるreadme.txtの要点は、command lineで実行したいなら、\bin\ディレクトリにある実行ファイルにパスを通しておくこと。絶対パスでいうと、
C:\Program Files\XMedCon\bin
である。

コマンドラインでの使用

そのパスで、medcon.exe -hを実行すると、下記のヘルプファイルが手に入る。

全文は最後に載せるとして、基本的な使い方を書いておきたい。

まず、もっとも単純な使い方は、ヘッダ内容の確認である。

例 medcon -f aaaaaa.v
aaaaaa.vというecat7ファイルを開いて、そのヘッダを表示する。
dicomヘッダも表示できるのでなかなかよい。

むしろ、MedConの主な使用目的は、ファイルのコンバートであろう。

例 medcon -c dicom -f *.v
ワイルドカードで指定した".v"で終わるファイルをすべて、DICOM形式に変換する。
DICOMは1ボリューム1ファイルなので、いつもの感覚と違うが、スライス数は、(0054,0081) US[1] NumberOfSlices: 63 (2 bytes)のタグに入っているようだ。
いつもの1スライス1ファイルにするには、オプションで指定してやればよい。
例 medcon -c dicom -split3d -f *.v

出力形式には以下のものが選べる。

 "ascii" = Raw Ascii     (.asc)
 "bin"   = Raw Binary    (.bin)
 "acr"   = Acr/Nema      (.ima)
 "anlz"  = Analyze       (.hdr)+(.img)
 "conc"  = Concorde/uPET (.img.hdr)
 "dicom" = DICOM         (.dcm)
 "ecat6" = CTI ECAT 6    (.img)
 "ecat7" = CTI ECAT 7    (.v)
 "gif"   = Gif89a        (.gif)
 "intf"  = InterFile     (.h33)+(.i33)
 "inw"   = INW (RUG)     (.im)
 "nifti" = NIfTI         (.nii)
 "png"   = PNG           (.png)

pngを選択すると、全スライスがpng形式のモノクロ（黒→白）画像で出力される。

ヘルプファイル全文

Usage:

 medcon [options] -f <files> ...

Flags:

 -f, --file, --files  file or list of files to handle

General: [-i -e -r -w] [-p -pa|-c <format> ...] [-o <basename>]

 -e, --extract            extract images from file
 -i, --interactive        read files after user input
 -o, --output-name        output name set from command-line
 -p, --print-values       print values of specified pixels
 -pa, --print-all-values  print all values without asking
 -r, --rename-file        rename file after user input
 -w, --overwrite-files    always overwrite files

 -c, --convert            give list of conversion "<format>" strings:

               "ascii" = Raw Ascii     (.asc)
               "bin"   = Raw Binary    (.bin)
               "acr"   = Acr/Nema      (.ima)
               "anlz"  = Analyze       (.hdr)+(.img)
               "conc"  = Concorde/uPET (.img.hdr)
               "dicom" = DICOM         (.dcm)
               "ecat6" = CTI ECAT 6    (.img)
               "ecat7" = CTI ECAT 7    (.v)
               "gif"   = Gif89a        (.gif)
               "intf"  = InterFile     (.h33)+(.i33)
               "inw"   = INW (RUG)     (.im)
               "nifti" = NIfTI         (.nii)
               "png"   = PNG           (.png)

Pixels: [-n] [-nf] [-qs|-qc|-q] [-b8|-b16[.12]] [-big|little]

       [-si=<slope>:<intercept>] [-cw=<centre>:<width>]

 -n, --negatives           enable negative pixels
 -nf, --norm-over-frames   normalize values over each frames
 -q, --quantitation        quantitation using all factors (-qc)
 -qs, --quantification     quantification (use one scale factor )
 -qc, --calibration        calibration    (use two scale factors)
 -b8, --unsigned-char      write unsigned char pixels  (8  bits)
 -b16, --signed-short      write signed short integers (16 bits)
 -b16.12                   write unsigned shorts, only 12 bits used
 -big, --big-endian        write files in big    endian
 -little, --little-endian  write files in little endian
 -si                       force slope/intercept rescaling
 -cw                       force specified contrast remapping

Fallback Read Format: [-fb-none|-fb-anlz|-fb-conc|-fb-ecat|fb-dicom]

 -fb-none, --without-fallback  fallback disabled
 -fb-anlz, --fallback-analyze  fallback on Analyze (SPM)
 -fb-conc, --fallback-concorde fallback on Concorde uPET
 -fb-ecat, --fallback-ecat     fallback on ECAT 6.4
 -fb-dicom, --fallback-dicom   fallback on DICOM 3.0

Slices Transform: [-fh -fv] [-rs -cs -cu] [-sqr | -sqr2] [-crop=<X>:<Y>:<W>:<H>]

               [-pad | -padtl | -padbr]
 -fh, --flip-horizontal        flip images horizontally (along x-axis)
 -fv, --flip-vertical          flip images vertically   (along y-axis)
 -sqr, --make-square           make square images (lagest dimension)
 -sqr2, --make-square-two      make square images (nearest power)
 -crop, --crop-images          crop image dimensions
 -rs, --reverse-slices         reverse slices sequence
 -cs, --cine-sorting           apply cine sorting
 -cu, --cine-undo              undo  cine sorting
 -pad, --pad-around            padding symmetrical around image
 -padtl, --pad-top-left        padding before first row and column
 -padbr, --pad-bottom-right    padding after last row and column (default)

Color Remap: [-24 | -8 [-g -dith -mh|-mr|-mi|-mc|-lut <file>]]

 -24, --true-color             color mode of 24 bits RGB triplets
 -8, --indexed-color           color mode of  8 bits indexed colormap
 -dith, --dither-color         apply dithering on color reduction

 -g, --make-gray               remap images to grayscale
 -mh, --map-hotmetal           load colormap hotmetal
 -mr, --map-rainbow            load colormap rainbow
 -mi, --map-inverted           load colormap gray inverted
 -mc, --map-combined           load colormap combined (gray/rainbow)
 -lut, --load-lut              load specified LUT colormap

Extras: [-alias -noprefix -preacq -preser -uin]

       [[-splits | -splitf] | [-stacks | -stackf]]

 -alias, --alias-naming        output name based  on patient/study id's
 -noprefix, --without-prefix   output name without default prefix
 -preacq, --prefix-acquisition use acquisition number as filename prefix
 -preser, --prefix-series      use series      number as filename prefix
 -uin, --use-institution-name  override default name of institution

 -split3d, --split-slices      split single image slices in separate files
 -split4d, --split-frames      split volume time frames  in separate files
 -stack3d, --stack-slices      stack single image slices into one 3D file
 -stack4d, --stack-frames      stack volume time  frames into one 4D file

Format Ecat/Matrix: [-byframe]

 -byframe, --sort-by-frame     sort ECAT images by frame (not anatomical)

Format Analyze: [-spm -optspm]

 -spm, --analyze-spm           use analyze format for SPM software

 -optspm, --options-spm        ask for SPM related options

Format DICOM:

a) general: [-cw=<center>:<width>]
            [-contrast] [-gap] [-implicit] [-nometa]

 -contrast, --enable-contrast  enable support for contrast changes
 -gap, --spacing-true-gap      slice spacing is true gap or overlap
 -implicit, --write-implicit   output file as implicit little endian
 -nometa, --write-without-meta output file without (part 10) meta header
 -cw                           force window center/width contrast

b) mosaic: [-mosaic | -fmosaic=<W>x<H>x<N> [-interl] [-mfixv]]

 -mosaic, --enable-mosaic      enable mosaic by "detected" stamps layout
 -fmosaic, --force-mosaic      force  mosaic by predefined stamps layout
 -mfixv, --mosaic-fix-voxel    rescale voxel sizes by mosaic factor
 -interl, --mosaic-interlaced  consider mosaic stamp slices as interlaced

Format Gif89a: [-optgif]

 -optgif, --options-gif        ask for GIF related options

Format InterFile: [-skip1 -nopath -one]

 -skip1, --skip-preview-slice  skip first preview slice
 -nopath, --ignore-path        ignore path in 'name of data file' key
 -one, --single-file           write header and image to same file

Patient/Slice/Study: [-anon|-ident] [-vifi]

 -anon, --anonymous            make patient/study anonymous
 -ident, --identify            ask for patient/study information
 -vifi, --edit-fileinfo        edit internal entries (images/slice/origent)

Reslicing: [-tra|-sag|-cor]

 -tra, --tranverse             reslice images transverse
 -sag, --sagittal              reslice images sagittal
 -cor, --coronal               reslice images coronal

Debug/Mode: [-d -v -db -hackacr -ean]

 -d, --debug                   give debug information (printout FI)
 -s, --silent                  force silent mode, suppress all messages
 -v, --verbose                 run in verbose mode
 -db, --database               print database info
 -ean, --echo-alias-name       echo alias name on screen

 -hackacr, --hack-acrtags      try to locate and interpret acr tags in file